Российские мусульмане получили право строить мечети и заводить при них школы. Указ 1783 года разрешил им самим избирать себе авторитетных богословов — ахунов, чтобы не приглашать их из Бухары или «другой чужой земли». В 1788 году в Уфе учреждалось мусульманское духовное собрание «для заведывания всеми духовными чинами того закона, в России пребывающими»; оно утверждало мулл, «дабы к исправлению духовных должностей магометанского закона употребляемы были люди в верности надёжные и доброго поведения». Первый член этого собрания оренбургский ахун Мухаммед Джан Гусейн был назначен Екатериной муфтием «над всеми обитающими в империи нашей сего закона людьми, исключая Таврическую область, где от нас определён особый муфтий».

Екатерина инициировала массовое переселение иностранных колонистов на российские просторы (в Поволжье, на Украину, в Крым). Их освобождали от военной службы и давали прочие льготы, в том числе свободу богослужения. В связи с разделами Речи Посполитой в 1791 году императрица разрешила бывшим польским евреям записываться в купечество и мещанство на территории Белоруссии, Екатеринославского наместничества и в Крыму.

Реформа 1786 года впервые создала в России систему среднего образования: в губернских городах открывались главные (четырёхгодичные), а в уездных — малые (двухгодичные) народные училища. В классы набирались ученики одного возраста, уроки велись по одним программам и типовым государственным учебникам. В школах вводились классная урочная система, единые сроки начала и окончания занятий; впервые появились сохранившиеся до нашего времени настенная доска, исторические карты, глобусы и другие наглядные пособия, классный журнал, экзамены и каникулы.

В малых училищах обучались чтению, письму, чистописанию, арифметике, катехизису, а в главных изучали Закон Божий, русский язык, географию, историю, естественную историю, геометрию, архитектуру, иностранные языки, механику и физику. Государыня однажды явилась на экзамен по истории в столичной школе и «сама по части российской истории и географии изволила предлагать вопросы, делать возражения и тем поставила род диспута». Она же редактировала первые учебники по истории и обществознанию. Суть её замечаний сводилась к тому, что в тексте будущего учебника не должно быть ничего, что могло послужить умалению достоинств государства и его правителей.

Из учебника «О должностях человека и гражданина» (что-то типа современного «Обществознания») школьникам надо было усвоить, что подданные «во всяком звании могут быть благополучны», но и при отсутствии благополучия должны без роптания сносить «собственные свои тягости» и воздерживаться от «суетных желаний». Вторая глава, посвящённая гигиене, убеждала при необходимости обращаться к врачам, умываться и мыть руки, иметь «благопристойность в лице». Запрещалось пугать детей чертями и «ужасными небылицами», отчего могли случиться «родимец и падучая болезнь». А глава четвёртая со ссылкой на Священное Писание поясняла исконность существования господ и рабов со времён Авраама, при этом убеждала, что и те и другие должны иметь «совершенную доверенность к вышнему разуму верховных своих начальников». От благородных требовалась «непоколебимая верность», от прочих — «искреннее и от всего сердца» повиновение и уплата податей «по мере государственных надобностей».