Одни из помещиков боялись бунта; другие надеялись, что всё обойдётся. «Во всяком случае, новое положение вещей не может быть введено в силу ранее чем через год, а переходное состояние установлено в двенадцать лет. Таким образом, времени будет предостаточно, чтобы найти новые источники дохода в случае, если новый порядок уменьшит уже существующие, а покамест, считая годовой доход с каждого крестьянина в шесть рублей серебром, на тридцать тысяч крестьян выходит 78 тысяч рублей серебром в год. Однако, несмотря на столь великие вопросы, мы здесь продолжаем развлекаться, и карнавальная неделя, судя по всему, обещает быть блистательной: в понедельник — бал в Благородном собрании, в среду — у Эммануила Нарышкина; говорят, будут танцевать также у императора...» — сообщал майор гвардии Пётр Павлович Дурново проживавшему в Париже отцу в феврале 1858 года.

Работой комитетов руководил земский отдел Министерства внутренних дел во главе с Н. А. Милютиным, предложившим в том же году новый принцип реформы — освобождение крестьян с землёй. Государству нужен был самостоятельный мужик — исправный налогоплательщик; превращение же его в нищего батрака привело бы к всеобщему бунту. Царь идею поддержал, но помещиков обижать не хотел. 18 октября 1858 года Александр II заявил: нужен такой вариант реформы, «чтобы дать крестьянину немедленно почувствовать, что быт его улучшен, чтобы помещик немедленно успокоился, что интересы его ограждены, чтобы никакая власть ни на минуту на месте не колебалась бы».

Сопротивление проекту освобождения крестьян с землёй было отчаянным: на великого князя Константина писали доносы, Милютина вызывали на дуэль. Дело постоянно требовало высочайшего внимания: всякий раз, когда Александр II ослаблял свой нажим, реформа тормозилась. По свидетельству П. А. Валуева, монарх «с гневом, ударив по столу, сказал, что не позволит министрам противодействовать исполнению утверждённых им постановлений по крестьянскому делу». Но и царский кулак не всегда помогал — приходилось действовать уговорами: великий князь ездил в секретный (с 1858 года — Главный) комитет уламывать его членов.

Сторонники реформ опирались не только на теоретические аргументы. В 1859 году был проведён эксперимент — в полтавском имении царской тётки великой княгини Елены Павловны 15 тысяч крестьян освобождены с землёй.

Для подготовки проекта закона был создан специальный межведомственный орган — Редакционные комиссии, включавшие чиновников, экспертов (учёных, статистиков, экономистов, помещиков-практиков) из губернских комитетов. Протоколы заседаний и труды комиссий публиковались и рассылались по губерниям для получения замечаний. Результатом стал общий проект с различными вариантами реформы для разных регионов. Сопротивление же не ослабевало; противники реформы предлагали даже созвать представителей от «земли», чтобы ограничить царский «произвол».