1886 — персональные выставки в Санкт-Петербурге, Одессе, Москве, Константинополе. Написаны картины «Чесменское сражение», «Зов о помощи», «Буря», «Парусник в бурю», «Смотр Черноморского флота в 1849 году», «Закат на море», «Ночной Константинополь», «Морской пролив с маяком».

1887 — в Императорской академии художеств Санкт-Петербурга праздновалось пятидесятилетие творческой деятельности художника, состоялась выставка его произведений, в честь юбилея Академией выбита золотая медаль. Избран почётным членом ИАХ. Персональные выставки в Санкт-Петербурге, Киеве, Стокгольме. Во Франции удостоен командорских знаков ордена Почётного легиона. «Портрет И. К. Айвазовского» написан К. Е. Маковским. Преподнёс в дар феодосийцам Субашский источник питьевой воды, находящийся в его имении Шах-Мамай, близ Феодосии. По инициативе И. К. Айвазовского проложен городской водопровод от Субашского источника в город. На набережной Феодосии по его проекту построен фонтан с питьевой водой, бесплатной для горожан. Написаны картины «Прощание А. С. Пушкина с морем», «Пушкин на берегу Чёрного моря» (исполнена совместно с И. Е. Репиным), «Ночь в Феодосии», «Штиль», «Волнующееся море», «Корабль в бурю», «Волга у Жигулёвских гор».

1888 — персональные выставки в Киеве, Константинополе. Награждён турецким султаном орденом «Меджидие» 1-й степени. В имении Шах-Мамай художника посетил А. П. Чехов. Поездка в Берлин. Написаны картины «Гнев морей», «Закат в степи», «Вид Петербурга», «Утро после бури»; исполнен графический «Набросок морского пейзажа».

1889 — поездка во Францию. Написаны картины «Волна», «Облака над морем. Штиль», «Морской пейзаж. Коктебель», «Ной спускается с горы Арарат».

1890-е, начало — на личные средства художника в Феодосии открыт фонтан, посвящённый памяти градоначальника А. И. Казначеева.

1890 — персональные выставки в Париже и Берлине. Награждён французским орденом Почётного легиона. Поездка во Францию и Италию. Создано полотно «Черноморский флот в Феодосии».

1891 — персональные выставки в Санкт-Петербурге, Ялте, Одессе. Принял участие в иллюстрировании юбилейного издания собрания сочинений М. Ю. Лермонтова. Написаны картины «Дарьяльское ущелье», «Переход евреев через Красное море».

1892 — персональные выставки в Берлине, Одессе. По инициативе И. К. Айвазовского ведётся строительство железной дороги в Крыму — от Феодосии до Джанкоя, пущен первый поезд в Феодосию, началась реконструкция феодосийского порта. Написаны картины «Ниагарский водопад», «Бриг “Меркурий”, атакованный двумя турецкими кораблями», «Прибой у крымских берегов», «Корабль “Императрица Мария” во время шторма», «Морской вид», «От штиля к урагану», «Лунная ночь. Неаполь», «Буря на море», «Марина», «Первый поезд в Феодосию», «Свадьба на Украине», «Крещение армянского народа. Григор Просветитель», «Клятва перед Аварайской битвой», «Автопортрет», создана графическая композиция «Парусный корабль в море».