1858 — первым из отечественных художников удостоен ордена Почётного легиона за серию пейзажей «Богатства России». Избран почётным членом МХО. Под влиянием И. К. Айвазовского и по приглашению российского правительства в Феодосию вернулся Габриэл Айвазовский (Гайвазовский). Начало совместной деятельности братьев по основанию армянского Халибовского училища, его открытие в съёмных помещениях. На выставке в Московском училище живописи и ваяния экспонировалась картина «Буря» (1857, ГТГ), которая была передана художником в дар МУЖВ. Турецким султаном награждён орденом «Меджидие» 4-й степени. Написаны картины «Вид на Везувий в лунную ночь», «Сражение у Бомарзунда», «Парусник у берегов Крыма в лунную ночь», «Море в лунную ночь», «Вид в Ореанде», «У берегов Ялты», «Портрет бабушки Ашхен»; графические композиции «Старый Крым. Фонтан», «Вид Георгиевского монастыря», «Лунная ночь. Всадник».

1859 — награждён греческим орденом Спасителя 3-й степени. Написаны картины «Лунная ночь в Крыму», «Башни на скале у Босфора», «Осада Севастополя», «Парусник».

1860 — смерть матери Рипсиме Айвазян (Гайвазовской), происходившей из армянской семьи (1784—1860). Разрыв с супругой Ю. Я. Гревс, уехавшей жить в Петербург и не желавшей вернуться в Феодосию.

1861 — аудиенция у императора Александра И; персональная выставка в Санкт-Петербурге и Феодосии. На выставке в Императорской академии художеств Санкт-Петербурга представил картину «Буря под Евпаторией 2 ноября 1854 года», основанную на реальных событиях; восторженный отзыв о ней Ф. М. Достоевского. Написаны картины «Буря под Евпаторией 2 ноября 1854 года», «Берег моря», «Море ночью», «Вид из Ливадии».

1862 — завершено строительство каменного двухэтажного здания Халибовского училища, в котором по решению братьев Айвазовских были также размещены аптека и больница. При Училище учредили и типографию, первую в истории армян Крыма. Написаны картины «Дарьяльское ущелье», «Лунная ночь в Константинополе», «Обоз чумаков», «Ветряные мельницы в украинской степи при закате солнца».

1863 — написаны картины «Лунная ночь. Окрестности Ялты», «Спокойное море».

1864 — императором Александром II художнику пожаловано потомственное дворянство. Написаны картины «Буря на Ледовитом океане», «Кораблекрушение», «Море», «У берегов Ялты», «Туманное утро в Италии», «Сотворение мира», «Всемирный потоп».

1864—1865 — персональная выставка в Санкт-Петербурге.

1865 — в Феодосии при мастерской художника и под его руководством открылась организованная им художественная школа «Общая мастерская». Удостоен права штатного профессора ИАХ, возведён в чин статского советника, награждён орденом Святого Владимира. Из типографии феодосийского Халибовского училища, которую курировали братья Айвазовские, вышла монография «История Крыма», написанная Ованесом Тер-Абрамианом — личным секретарём архиепископа Габриэла Айвазовского. Написаны картины «Кораблекрушение», «Буря на Северном море», «Вид Амальфи», «Вид Одессы с моря».