После выздоровления Игнатьева Сталин и вовсе стал его игнорировать. По существу, в последние месяцы жизни вождя вся тяжесть ответственности за реорганизацию МГБ СССР легла на плечи первых заместителей министра госбезопасности, которых 20 ноября 1952 г. Сталин назначил своим решением на эти должности. Это были генерал-лейтенант С. И. Огольцов и генерал-полковник С. А. Гоглидзе. Именно им поручил Сталин проведение кардинальной реформы в МГБ на завершающем этапе своего правления.

Декабрьские (1952 г.) постановления ЦК партии – «О положении в МГБ», «О вредительстве в лечебном деле», «О Главном разведывательном управлении МГБ СССР» и «О службе наружного наблюдения» – свидетельствуют о сталинских планах значительных изменений и переориентации деятельности МГБ в русло репрессивной политики. В этих документах констатировалось, что в органах госбезопасности «имеют место серьезные провалы и недостатки в разведывательной, контрразведывательной, следственной работе в борьбе с националистическим подпольем… в охране границ Советского Союза». В постановлениях ЦК партии было указано, что «МГБ СССР допустило грубейшие извращения в постановке разведывательной работы за границей, отказавшись от активных наступательных методов борьбы с противником – осуществлением диверсионных и террористических операций…», а «контрразведывательная работа по борьбе с агентурой капиталистических разведок внутри страны находится на низком уровне и ведется неумело». По существу, Сталин в этих установках открыто призвал сотрудников госбезопасности к ужесточению в своей работе и усилению карательных мер в процессе разоблачения вражеской агентуры. «Некоторые горе-чекисты, – отмечалось в постановлениях ЦК КПСС, – ведут гнилые и вредные рассуждения о якобы несовместимости с марксизмом-ленинизмом диверсий и террора против классовых врагов… с озверевшим классовым врагом нельзя бороться в белых перчатках, оставаться «чистенькими», не применяя активных наступательных средств борьбы в интересах социалистического государства… Они забыли указания Ленина о том, что классовая борьба – это жестокая борьба, а не пустая болтовня».

В беседах с руководителями МГБ Сталин вел себя раздраженно и грубо, обещая устроить для чекистов «всенародную чистку от вельмож, бездельников, перерожденцев…». А Игнатьеву он открыто и с недовольством заявил: «Я не проситель у МГБ. Я могу и потребовать, и в морду дать, если вами не будет выполняться мои требования».

В конце декабря 1952 г. – начале января 1953 г. по решению ЦК партии два главных управления МГБ – Первое (разведка) и Второе (контрразведка) – объединились в единое Главное разведывательное управление (ГРУ МГБ СССР). Начальником этого управления был назначен генерал-лейтенант С. И. Огольцов, при этом вновь началось значительное сокращение штатов (на 25 %), поскольку ЦК КПСС в своих указаниях констатировал: «… аппарат разведки за границей и внутри страны разбух, стал неповоротливым, бюрократическим…». Далее отмечалось: «Необходимо освободить органы МГБ от работников, утративших политическое чутье, карьеристов, шкурников, бездельников, мало приносящих пользы Советскому государству, ставящих свое личное благополучие выше государственных интересов, болтунов, обленившихся и неработающих над собой в области совершенствования методов чекисткой работы».