Случалось, коллеги-медики срывали его выступления перед врачами: например, его не допустили читать лекции в Крымском мединституте. «Как вы можете, профессор, верить в Бога, которого никто никогда не видел?» – спросил его как-то один военный хирург. «Вы верите в любовь? В разум?» – задал ответный вопрос архиепископ-профессор. – «Да». – «А вы видели ум?» – «Нет». – «Вот так и я не видел Бога, но верю, что Он есть» (90, с. 68).

Фигура святителя Луки оказалась крайне неудобной не только для власти, но и отечественной интеллигенции. Всей своей деятельностью он недвусмысленно опровергал укоренившееся в России мнение о неизбежности для интеллигента либерального мировоззрения, вольнодумства или безразличия к вере. Он не вписывался и в романтическую дворянскую традицию оппозиционности власти, отсчет которой велся от мятежа декабристов, ведь власть преследовала его не за идеи вольности, не за политику, а за Православие. Он принадлежал к православному меньшинству в образованном слое российского общества, до настоящего времени в целом безразличного к вере.

Главным образом святителю Луке приходилось постоянно спорить с местным уполномоченным по делам религии, отстаивая то свое право перемещать священников, то его обязанность обращаться к архиерею не по имени и отчеству, а «владыко» или «ваше преосвященство». Уполномоченный Совета по делам Русской Православной Церкви при Совете министров СССР при Крымском облисполкоме в 1946–1955 годах Я. Жданов часто сообщал в Москву, что архиерей «с моими замечаниями или советами не считается» (155, с. 19). Основной причиной их конфликтов было противодействие уполномоченного открытию новых церквей и стремление к закрытию существующих. Механизм был прост: или уполномоченный длительное время не регистрировал священника, и потому владыка не мог назначить его в храм, который закрывался как «недействующий», или община не имела средств для ремонта здания и тем самым нарушала один из пунктов договора с местным Советом, который получал право закрыть церковь, как «аварийное здание». Во всех случаях владыка категорически отказывался закрывать церкви сопротивлялся до последнего, но возможности его были невелики.

В одном из своих докладов в январе 1948 года Я. Жданов сообщал, что указал архиепископу Луке на отказ общины церкви в селе Черноморском выполнить указание райисполкома о побелке церкви.

«Я обратил его внимание, – пишет Я. Жданов, – что данная церковь находится в центре села, в окружении зданий, занимаемых советскими учреждениями, вид ее невзрачный, с момента открытия в 1941 году совершенно не ремонтировалась, штукатурка на наружных стенах обвалилась, крыша протекает и здание церкви подвергается разрушению, а поэтому райисполком вправе потребовать, согласно договора, не только побелки церкви, но и полного ее ремонта…», а невыполнение пункта договора «может повлечь за собой его расторжение». И владыка Лука не смел сказать советскому чиновнику, что церковное здание находится в бедственном состоянии по вине именно власти, которая отобрала церковь у верующих, но не тратила средств на ее содержание. Когда же в годы немецкой оккупации церковь открыли, то у людей не было возможности заняться ее ремонтом. Владыка говорил лишь о бедности приходской общины, о том, что священник и псаломщик этой церкви просто голодают и средств на ремонт нет. «На это я ему еще раз разъяснил о взятых на себя обязательствах верующими при заключении договора с райисполкомом…» – с удовлетворением заключил уполномоченный (155, с. 51). В октябре 1950 года Жданов сообщал: «Ряд церквей по области давно бы прекратили свою деятельность, если бы архиепископ Лука их не поддерживал материально за счет епархиальных средств, как то: по ремонту, по содержанию священников и т. д., таких церквей до десятка…» (155, с. 95).