Уже в этой проповеди святитель предлагает не только твердое исповедание православной веры, но и открытую полемику с коммунистическим учением, вознамерившимся создать «нового человека» по планам партии Ленина-Сталина. Значение его проповеди усиливалось тем, что произносил ее не простой священнослужитель, а ученый профессор. Едва ли это нравилось партийному начальству, но работа владыки Луки в госпитале была полезной настолько очевидно, что его проповедничеству не чинили препятствий. Стоит заметить, что он не просто числился главой епархии, а в труднейших условиях пытался навести порядок в епархии, снимал нерадивого пастыря и назначал взамен достойного без согласования с властями, препятствовал активизации деятельности «обновленцев», пересылал в Москву ходатайства из городов и сел об открытии закрытых церквей.

В сентябре 1943 года по решению И. В. Сталина состоялся наконец Поместный Собор Русской Православной Церкви, на который многие участники были доставлены прямо из лагерей и ссылки. Митрополит Сергий (Страгородский) был избран Патриархом, а архиепископ Лука – членом Священного Синода. Между Патриархом и святителем Лукой завязывается переписка по самым разным вопросам, с мнением красноярского архиерея считаются в Синоде, но сам владыка просит об освобождении его от регулярных приездов в Москву из-за большой занятости в госпитале.

По окончании срока ссылки и после переезда госпиталя в Тамбов владыка в 1944 году получил назначение на Тамбовскую кафедру. В этом крае церковная жизнь также пострадала от богоборческой войны Советской власти: из 110 церквей действовали лишь две – в самом Тамбове и в Мичуринске. Обширное поле деятельности предстояло стареющему архиерею, который не мог отказаться и от своей медицинской практики.

В госпитале рабочий день архиепископа Луки продолжался более 8 часов, ежедневно он делал по 4–5 операций, консультировал молодых врачей, занялся исследованием новых вопросов в хирургии.

С первых дней управления епархией святитель стал добиваться от властей открытия новых церквей, в частности Спасо-Преображенского собора в Тамбове, разрешения на проведение епархиального собрания духовенства и мирян. Ему отказывали. Тем не менее власть отметила его самоотверженное служение в медицине: архиепископ Лука был награжден медалью «За доблестный труд в Великой Отечественной войне 1941–1945 годов», а в 1946 году за работу «Очерки гнойной хирургии» ему была присуждена Сталинская премия 1-й степени. Из 200 тысяч рублей премиальных владыка перечислил 130 тысяч в помощь детям, пострадавшим в войне. Жители Тамбова по сей день вспоминают добрым словом святителя-хирурга. Одна из больниц в городе была названа его именем, в 1994 году ему был установлен памятник.