Положение в епархии было трудным. Вся область с трудом выходила из разрухи после жестоких, разрушительных боев на Крымском полуострове. Владыка главное внимание обращал на духовное состояние народа. В своем рапорте в 1948 году святитель сообщал Патриарху о тяжелейшем состоянии сельских приходов, в которых даже открытые храмы по воскресным и праздничным дням пустуют, народ отвык от богослужений; забыли о венчании браков, о крещении детей, об отпевании умерших. Но, с другой стороны, сами власти препятствуют верующим посещать богослужения, то устраивая «воскресники», то проводя осмотр скота. Владыка был взыскателен и к священникам. За малейшее нарушение канонических правил или иные провинности он переводил их с одного прихода на другой, увольнял за штат, лишал сана. Такая строгость была вызвана не жестокостью, а ревностью о церковном благочинии. В своих посланиях к священнослужителям епархии владыка неоднократно призывает их соблюдать все церковные каноны, следовать правилам совершения таинств и обрядов, осуждать тех, кто смотрит на свое служение как на «средство пропитания, ремесло требоисполнения» (90, с. 61). Владыке мало было только служить – он хотел бороться за души людей, которых власть лишила Церкви.

За крымским архиереем наблюдали внимательно. На владыку посылали доносы: «Вся религиозная деятельность Луки носит ярко выраженный антисоветский характер, – сообщал в Москву в октябре 1948 года секретарь Крымского обкома ВКП(б) Н. Соловьев. – По приезде в Крым Лука развивает энергичную религиозную деятельность. В своих проповедях Лука открыто и систематически проповедует сочувствие к царскому самодержавию и ненависть к советскому строю и его руководителям» (90, с. 64), – хотя темы проповедей были: «О науке и религии», «Об истоках современного безбожия», «О суетности славы человеческой». Несмотря на очевидную лживость доноса, от Патриарха потребовали запрета на произнесение архиепископом Лукой проповедей по будням. В марте 1949 года уполномоченный Я. Жданов сообщал в Москву: «После указа Синода… его проповеди стали носить больше церковный характер, но он все же продолжает их читать ежедневно» (155, с. 75). Стоит заметить, что в течение десяти лет проповеди архиепископа Луки регулярно печатались в «Журнале Московской Патриархии»; за свои проповеди он был избран почетным членом Московской Духовной Академии.

В эти годы владыка завершает работу над богословским трудом «Дух, душа, тело», начатым еще в 1920-е годы. В небольшом по объему, но глубоком по содержанию эссе святитель Лука рассматривает теорию высшей нервной деятельности академика