В 1798 г., составляя план и все распоряжения по экспедиции для завоевания Египта, он образует при армии научную комиссию в составе: астрономов – Данго и Дюка Лашапеля; математиков – Коста, Фурье, Монжа, Молларда; воздухоплавателя Конте; натуралистов – Туена, С. Иллера, Делиля; минералога Доломье; химика Бертоле; археолога Дюпюи. Поручает литератору С. составить ему походную библиотеку из отделов: точных наук, географии, истории, поэзии, романов, политики и морали.

Захватив по дороге в Египет о. Мальту, Наполеон приказывает Монжу и Бертоле осмотреть хранилище ордена Иоаннитов и выяснить, что в них есть ценного, а затем поручает Бертоле переплавить все золото и серебро в слитки.

В Египте он поручает Монжу, Бертоле и начальнику инженеров оборудовать в Каире здание, в котором помещалась бы французская и арабская типографии, химическая и физическая лаборатории, библиотека, зала для заседаний, и если окажется возможным, то и обсерватория.

Приказом от 22 августа 1798 г. Наполеон образует Академию, давая в этом приказе ее устав, сам становится во главе ее математического отдела.

23 августа лично открывает первое заседание этой академии и предлагает ей следующие вопросы или темы:

1. Употребляемые при армии хлебопекарные печи могут ли быть улучшены в смысле расхода топлива и каким образом.

2. Есть ли в Египте способы заменить чем-нибудь хмель при пивоварении.

3. Какие применяются способы для очистки и освежения нильской воды.

4. При имеющем место положении дел в Каире, что выгоднее – построить ветряную или водяную мельницу.

5. Находятся ли в Египте средства для выделки пороха и какие именно.

6. Какое состояние в Египте юриспруденции порядка гражданского и уголовного судопроизводства и народного образования. Какие здесь возможны улучшения и какие желательны для блага народа».

Для решения этих вопросов образуются отдельные академические комиссии.

В Каире он образует для местного управления собрание из почетных граждан – «диван» и назначает Монжа и Бертоле комиссарами – руководителями его, торопит академика Конте с устройством мастерских и мельниц, привлекает Монжа и Бертоле к составлению проекта больницы для бедных на 400 коек. Когда араб, смотритель при водомерном столбе, служившем с незапамятных времен для отметки стояния воды в Ниле, жалуется на порчу ограды солдатами, он приказывает начальнику инженеров Кафарелли: «Обратить на этот предмет самое серьезное внимание и донести, что сделано».

Вернувшись 15 октября 1799 г. в Париж, он уже 1 октября пишет Лапласу: «Я получил с благодарностью экземпляр вашего превосходного труда, который вы мне послали (первый том «Небесной механики»). Первые шесть месяцев, которые я буду иметь в своем распоряжении, я употреблю на прочтение его. Если вам не предстоит ничего лучшего, будьте любезны зайти завтра ко мне отобедать. Почтительный привет г-же Лаплас».