В 1919 году с деятельностью Чрезвычайной комиссии окажется связана непоправимая трагедия семьи Куропаткина: по итогам реализации Особым отделом ВЧК дела петроградской организации «Национальный центр» расстрелян 27-летний сын Алексея Николаевича – Алексей Алексеевич.

Согласно официальной версии, петроградская организация «Национального центра» являлась местным отделом всероссийского «Национального центра», штаб которого находился в Москве. Главными руководителями центра в Петрограде были видные деятели кадетской партии – Штейнингер и Герасимов. В материалах ВЧК отмечалось, что организация «контактирует с “Союзом возрождения” имеет свою военную, боевую организацию, через целую сеть курьеров поддерживает интенсивные сношения со штабом Юденича, русским белогвардейскими организациями в Финляндии, Латвии, Литве и пр. и агентами Антанты, доставляет им сведения о состоянии Красной армии, военных планах красного командования и энергично готовится к сдаче Петербурга Юденичу, поднятию восстания к моменту наступления последнего».

В «Красной книге» ВЧК имя инженера А.А. Куропаткина, как активного участника антибольшевистского заговора в Петрограде, упоминается дважды. Полное отчаяния письмо Куропаткина к Ленину с просьбой о помиловании единственного сына осталось без внимания.

Оставшиеся в младенческом возрасте сиротами двое внуков Куропаткина, – Алексей и Георгий, и молодая невестка на какое-то время переезжают в Шешурино.

После Октябрьской революции 1917 года по всей стране прошла серия штормовых волн по экспроприации собственности у буржуазии и помещиков, изгнанию дворян из своих имений, обращению имущества ненавистных эксплуататоров в пользу рабоче-крестьянского государства.

Неоднократно возникал вопрос о лишении имущества потомственного дворянина Куропаткина, тем более что местные чекисты по указанию сверху организовали за ним постоянное агентурно-оперативное осведомление на предмет возможного формирования вокруг бывшего генерала контрреволюционеров-заговорщиков.

Сотрудники госбезопасности Холмского уезда исполняли указания руководства ВЧК.

В декабре 1919 года, выступая на Первом Всероссийском съезде политработников Красной армии, заместитель начальника Особого отдела ВЧК И.И. Павлуновский заявил о возможных попытках выпускников Николаевской Военной академии генерального штаба захватить управление Красной армией.

17 декабря 1919 года за подписями Ф.Э. Дзержинского и М.И. Лациса издан приказ Президиума ВЧК № 208 «Об учете специалистов и лиц, могущих явиться заложниками», согласно которому предписано взять на оперативный учет всех бывших офицеров.