6 сентября началось прощание, шествие продолжалось всю ночь.

7 сентября утром очередь желавших попрощаться достигла 2–2,5 км и становилась все длиннее. Гроб был перевезен в Национальный музей и установлен в Пантеоне. Со всех концов республики люди ехали в Прагу для участия в похоронах, кто специальными поездами и автобусами, а кто на личных автомашинах. Коммунистическое руководство, опасаясь провокаций и политических выступлений, приняло решение ограничить заезды в столицу.

Особой активностью отличались «соколы», предложившие свое участие в погребении и поддержании порядка в его ходе. В связи с этим возник конфликт с органами госбезопасности. Правительство запретило «сокольскую» акцию. 8 сентября был арестован секретарь «сокольской» организации А. Машталко, а также несколько функционеров, включая членов руководства. Краевые и районные секретариаты КПЧ получили приказ: «привести в боеготовность весь партийный актив, наши организации и личный состав заводов», а также членов народной милиции, снабдив их оружием. Указания были выполнены: вооруженные отряды народной милиции прошли по улицам городов и местечек, улицы патрулировались двумя милиционерами. На заводах состоялись собрания, направленные против «провокаций реакции».

Несмотря на все запреты, в Прагу съехалось много народа. Кроме того, в столице было сосредоточено 15 тыс. членов народных милиций и органов безопасности. Приблизительное число участников траурной процессии в Праге составляло 120 тысяч. Тризна, которая началась в 15 часов в пантеоне Национального музея и на которой выступил А. Запотоцкий, прошла спокойно. Вацлавская площадь и Национальный проспект были буквально переполнены народом, как и ближайшие к центру улицы. Многие плакали. Около полуночи гроб, сопровождаемый министром национальной обороны и министром внутренних дел, был перевезен в Сезимово Усти.

С 4 сентября начались аресты. Согласно сообщению органов госбезопасности, до 9 сентября были задержаны или арестованы в Праге и других городах 249 человек. В Пльзени, в частности, арестовали группу студентов, которые попытались положить красные и белые цветы к памятнику Т. Г. Масарика с надписью на ленте; «Президенту Бенешу и нашей демократии останемся верными». В Праге с 5 по 9 сентября предварительному заключению были подвергнуты 79 человек. Уголовное разбирательство (судебное следствие) по делам 166 задержанных проходило 9-15 сентября, и еще 83 – тремя днями позднее. Среди 166 судимых было 30 человек до 18 лет, 70 рабочих и служащих, 38 чиновников, 23 студента. Массовое участие граждан в похоронах экс-президента коммунистическое руководство, собравшееся на заседание ЦК КПЧ 9 сентября 1948 г., расценило как «анти-февраль», как подготовку попытки путча, как «последнюю надежду нашей реакции» (Сланский, Копецкий) На этом заседании Готвальд рекомендовал «использовать эту ситуацию, чтобы предпринять ряд важных мер против реакции». Они получили общее название «политика острого курса», приведшая к репрессиям против многих граждан.