Занимая высокие государственные посты, Бенеш не прекращал научной и преподавательской деятельности. В 1921 г. он стал профессором социологии в Карловом университете, являлся действительным и почетным членом многих политических, общественных, творческих и научных обществ и институтов, как национальных, так и зарубежных, в том числе профессором «honoris causa» университетов в Оксфорде, Париже и Страсбурге. Благодаря своей разнообразной политической и научной деятельности Бенеш был популярен в чешском обществе (в Словакии его не любили из-за проповедуемой им теории «единой чехословацкой нации») и известен мировой общественности. Он являлся учеником и приверженцем идей первого президента ЧСР Т. Г. Масарика, который видел в Бенеше своего преемника.

В 1935 г. Бенеш стал вторым президентом ЧСР и вышел из чехословацкой национально-социалистической партии, членом и идеологом которой был с 1923 г. Однако и после этого он оставался ее идейным наставником. Время пребывания Бенеша на посту президента страны было наполнено драматическими и трагическими событиями: расчленение Чехословакии фашистской Германией – Мюнхен, отторжение Судетской области; оккупация Германией чешских областей и Моравии, создание протектората Богемия и Моравия, включенного в состав «третьего рейха», образование Словацкого государства, вассала гитлеровской Германии; борьба за восстановление ЧСР на демократических началах (1939–1945) и за утверждение «новой демократии» в стране (1945–1947); крах этих усилий, установление коммунистической монополии на власть (февраль 1948 г.).

Сразу после Мюнхена Бенеш ушел с поста президента и эмигрировал из страны, возглавив после марта 1939 г. борьбу за восстановление ЧСР в предмюнхенских границах и отстаивая при этом позиции континуитета (преемственности) чехословацкой государственности. После прихода к власти кабинета У. Черчилля Англия признала (в июле 1940 г.) Временное чехословацкое эмигрантское правительство, а Бенеша – президентом Чехословакии, пока еще отсутствовавшей на карте Европы. В этом качестве – президент в эмиграции – Бенеш пребывал до конца войны, а после освобождения Чехословакии стал президентом возрожденной страны.

За те три года, что оставались до его кончины, Бенеш стремился, насколько это было в его силах и возможностях, реализовать с большим или меньшим успехом идеи «совершенствования демократии». Все это происходило в трудных условиях послевоенного времени и решения первоочередных конкретных задач: восстановление хозяйства страны, его, по возможности, безболезненный перевод на мирные рельсы и продвижение по пути экономического прогресса, урегулирование межнациональных отношений, достижение социального мира и гражданского согласия в обществе, раскаленном бедами военного времени, социальными неурядицами и политическим страстями. Намеченные Бенешем и изложенные достаточно полно в книге «Демократия сегодня и завтра» (Лондон, 1942; Прага 1946, 1947) глубокие преобразования («социализация») всех сфер жизни – политической, социальной и экономической – открывали, как представлялось, перспективы становления «чехословацкого социализма» без насилия и диктатуры пролетариата, характерных для советской страны. Просматривался альтернативный советскому путь к социализму, против чего, казалось, не возражали тогда и чехословацкие коммунисты. Сторонник идеи конвергенции демократии и социализма, т. е. взаимовлияния, взаимопроникновения демократии западного типа и социализма советского образца (в нем Бенеш усматривал и положительные черты), он полагал, что демократические традиции чехословацкого общества станут благодатной почвой для воплощения этих представлений в жизнь. Начавшаяся холодная война, события февраля 1948 г. в Чехословакии положили конец начатому «эксперименту» строительства «капитализма с человеческим лицом». Возобновление этой попытки, но уже под другими лозунгом строительства «социализма с человеческим лицом» потерпело крах в августе 1968 г.