С назначением 1-м секретарем ЦК Компартии Казахстана Филиппа Исаевича (Шая Ицикович Кукович) Голощекина (один из организаторов расстрела семьи императора Николая II и основной виновник голода в Казахстане 1932–1933 гг. (по некоторым оценкам от голода умерли более 1,5 млн. человек)) проблемы Сейфуллина усугубились.

Видимо желая угодить своим партийным боссам, он публикует поэму «Советстан».

В мае 1926 г. Сейфуллина назначают заведующим истпарта Казкрайкома ВКП (б). Истпарт — Комиссия по истории Октябрьской революции и РКП (б).

В декабре 1926 г. Сакен женился, его женой стала Гульбаhрам Батырбекова, которая училась в партийно-советской школе в Кызылжаре. Судя по имеющейся информации — это была глупая женщина. Старшая дочь Сейфуллина Лаура умерла из-за того, что Гульбаhрам с ребенком, поверив слухам о встречах Сакена с другой женщиной, поехала с маленьким ребенком в Москву, где та заболела и скоропостижно скончалась. После ареста Сакена Гульбаhрам ходила по чиновникам с целью добиться встречи с ним. В результате НКВД отправило ее с сыном Аяном в АЛЖИР. По дороге в лагерь мальчик заболел и умер. Сама Гульбаhрам отсидела в АЛЖИРе 7 лет.

В 1927 г. Сейфуллин был назначен ректором Кзыл-Ордынского института народного просвещения. Под его редакцией выходит альманах «Жыл құсты» («Первая ласточка»), составленный из произведений казахских писателей.

С мая 1928 г. Сейфуллин лектор Ташкентского казахского педагогического института, руководитель литообъединения казахской молодёжи, руководитель Казахского института просвещения. С августа 1929 г. доцент кафедры казахской литературы Казахского педагогического института.

После того, как на страницах различных изданий Сейфуллина обвинили в создании группы «сейфуллинцев», он опубликовал 2 сентября 1929 г. в газете «Енбекши казах» письмо-покаяние «О моих ошибках», в котором говорил, что «ошибался, когда шел вразрез с партией».

В 1931–1932 гг. Сакен Сейфуллин издал учебник «Казахская литература» и сатирический роман «Биздин турмыс» («Наш быт»). В 1932 г. в возглавляемом им журнале «Казак адебиети» («Казахская литература») были опубликованы отрывки из поэмы «Кызыл ат» («Красный конь»).

Позднее, по словам литературоведов, два последних произведения стали считаться трудами, в которых автор иронизировал над первым секретарем крайкома партии Филиппом Голощекиным, который, в свою очередь, скрытно преследовал Сакена Сейфуллина.

В начале 1934 г. Сакен Сейфуллин начал работать в Казахском научно-исследовательском институте национальной культуры (ныне — Казахский научно-исследовательский институт культуры). Под его руководством в институте стали создаваться секторы — историко-археологический; литературы и фольклора; лингвистики (по изучению казахского, уйгурского и дунганского языков); изобразительных искусств; музыки и хореографии; театра и кино.