— А все казахи такие богатыри?

— Нет, — нашёлся Каныш Имантаевич. — Я — самый маленький!..

В 1949 г. Каныш Имантаевич был избран членом ЦК КП Казахстана. В 1950 г. он был утверждён в учёном звании профессора по специальности «геология» и избран депутатом Верховного Совета СССР 3 созыва. В 1951 г. Сатпаев, по поручению Президиума АН СССР, принял участие в организационной сессии Академии наук Таджикской ССР. На данной сессии Каныш Имантаевич был избран почётным членом таджикской академии.

В 1951 г. Сатпаев из-за предисловия к народному эпосу «Ер Едиге» и по обвинению в «националистических» ошибках и «популяризации ханско-феодального строя и восхвалении Ер Едиге», а также в «засорении кадров Академии наук КазССР не внушающими политического доверия и случайными в науке людьми» и «непринятии должных мер к очищению Академии наук от этих людей» (в 1951 г. Каныш Сатпаев отказался уволить писателя Мухтара Ауэзова, композитора Ахмета Жубанова, ученых Хажима Джумалиева и Есмагамбета Исмаилова, обвиненных в национализме), сокрытии социального происхождения при вступлении в партию ВКП (б) и из-за ряда других «прегрешений» был снят с должности президента академии.

В сентябре 1949 г. Инструктор Отдела пропаганды и агитации ЦК КП (б) Казахской ССР Я. Гончарок в письме Г. М. Маленкову насчитал в Академии наук Казахской ССР «свыше ста бывших баев, алаш-ординцев, их родственников, белогвардейцев и судимых ранее за контрреволюционные преступления, что составляет 13 процентов к общему составу сотрудников Академии», а также обвинил его в кумовстве и устройстве в Академию родственников — среди работающих в Академии насчитывалось «4 зятя, дети, племянники, одноаульцы и другие сородичи Сатпаева».

Хотели снять Сатпаева и с должности директора Института геологических наук, но за него заступилось руководство АН СССР.

В это время президентом Академии наук был Динмухаммед Кунаев.

В 1952 г. Сатпаев с группой геологов занялся составлением металлогенических прогнозных карт полезных ископаемых Центрального Казахстана. Геологи под его руководством разработали отличный от существовавших прежде «Комплексный метод формационного металлогенического анализа и прогноза месторождений», который впоследствии служил основой для комплексных металлогенических исследований в СССР.

В 1954 г. после смены руководства Казахстана, дело К. Сатпаева было пересмотрено и он в июне 1955 г. был вновь избран президентом Академии наук Казахской ССР. В 1956 г. он был избран членом ЦК КП Казахстана.

В 1957 г. Сатпаев был награждён третьим орденом Ленина за мобилизацию Академии наук КазССР на освоение целинных и залежных земель. В 1963 году Каныш Имантаевич был награждён четвёртым орденом Ленина за заслуги в развитии геологической науки.