Цезарь вернулся в Александрию хозяином положения (январь 47 года до н. э.). Хотя Клеопатру ненавидели подданные — во всяком случае, египетские греки и македонцы, — потому что она отдалась римлянину, им пришлось быть свидетелями того, как непобедимый Цезарь возводит ее на трон. Ее официальный супруг, мальчик Птолемей XII, исчез, и Цезарь заменил его младшим братом Клеопатры Птолемеем XIII, которому тогда было около двенадцати лет. В текстах они назывались Богами Филопаторами. Предположительно, этот эпитет носил старший брат, соправитель Клеопатры, а затем его принял и младший[704]. Арсиною отправили в Рим, чтобы некоторое время спустя царевна из великой македонской династии в цепях прошла за триумфальной колесницей Цезаря. Самому Цезарю не хотелось уезжать из Египта с его теплой зимой и покидать Клеопатру, хотя сенаторские армии еще находились в походе в заморских землях и положение в мире требовало его немедленного отъезда. Вместе с Клеопатрой он совершил путешествие по Нилу до самой эфиопской границы на великолепном увеселительном корабле. Так эти двое, одна из которых представляла неотразимую силу Македонии, а другой могущество Рима, вместе как влюбленная пара посетили грандиозные монументы древних фиванских царей — храмы, где толпа одетых в белое туземных жрецов все еще совершала древние обряды. Лишь в апреле Цезарь отплыл из Александрии в Сирию. Он оставил в Египте три легиона под началом Руфина, чтобы укрепить Клеопатру на троне. Возможно, именно тогда Цезарь передал Кипр под власть Птолемеев. Во всяком случае, когда Цезарь погиб в 44 году, Кипр снова был владением Лагидов.

23 пайни (23 июня 47 года до н. э.) Клеопатра родила сына — по ее словам, от Цезаря. В глазах греков и македонцев, гордившихся династией Птолемея, признать его сыном Цезаря значило поставить на нем позорное клеймо незаконнорожденного и показать бесчестье царицы. Но Клеопатра без зазрения совести дала ребенку имя Цезаря. Александрийцы прозвали его Цезарионом (уменьшительное от Цезаря). Местное духовенство в Гермонтисе отметило рождение ребенка изображениями и иероглифическими надписями, которые еще можно видеть на стенах храма, где было провозглашено, что его истинный отец — бог Ра, принявший облик Цезаря[705]. Для греческих подданных Клеопатру изобразили на монетах в виде Афродиты с младенцем Эротом. Когда мальчик стал подрастать, некоторые греки различали в его движениях характерные черты Юлия Цезаря.

Когда в 46 году до н. э. Цезарь вернулся в Рим победоносным диктатором римского мира, Клеопатра поселилась в его садах на противоположном берегу Тибра. Она привезла с собой из Египта брата Птолемея XIII и большую свиту. С высшим римским обществом, которое часто бывало в ее салоне, она общалась с царскими замашками, которые многих возмущали. Ее называли «царица» (regina), не добавляя имени. «Ненавижу царицу», — пишет Цицерон в одном из писем[706], хотя она пообещала ему доставить из Александрии какие-то папирусы или другие редкости, которые могли быть интересны литератору. Цезарь признал сына. Он посвятил Клеопатре золотую статую в своем новом храме Венеры-Прародительницы, от которой, по преданию, и происходил род Юлиев.