В самом Египте после смерти Авлета, скорее всего, снова вспыхнули туземные мятежи. Среди войн, в которых участвовали царские войска, противостоявшие легионам Цезаря в 49 году до н. э., Цезарь упоминает «войны с египтянами»[700]. Конечно, войны могли случаться и раньше, еще при жизни Авлета, но Цезарь пишет о них после убийства сыновей Бибула, и он наверняка перечисляет события в хронологическом порядке. В источниках ничего не говорится о волнениях в Верхнем Египте во время правления Авлета, и если там царило спокойствие, то, вероятно, лишь благодаря тому, что власть в регионе находилась в руках правителя, в котором, исходя из наших отрывочных сведений, мы можем предположить человека чрезвычайно уважаемого и влиятельного — эпистратега Каллимаха. Первое имеющееся у нас упоминание о нем на этом посту относится к июлю 78 года до н. э.[701] (1 эпифи 3 года), а последнее — к февралю 51 года до н. э.[702], следовательно, он должен был править Фиваидой практически все то время, пока Авлет сидел на троне. Помимо других титулов и званий, он зовется «начальником Красного и Индийского моря» — то есть он руководил аравийской и индийской торговлей и приморскими стоянками на дальнем юге. Если его можно отождествить (как представляется вероятным) с отцом эпистата Каллимаха, то в начале правления Клеопатры он был повышен до эпистолографа в Александрии.

Клеопатра набиралась опыта и честолюбия и наконец перестала подчиняться дворцовой клике — Пофину, Феодоту и Ахиллу. Они обвинили ее в том, что она хочет изгнать брата, и народ поднялся против нее. Но после того, как эта девушка двадцати одного года сбежала из города, она принялась собирать армию, подобно своей предшественнице Клеопатре IV в 113 году до н. э. Скорее всего, она набрала воинов среди арабских племен за восточной границей, и некоторое время спустя выступила на Египет. Клика собрала войско и вместе с мальчиком-царем преградила ей путь у Пелусия.

Пока в Египте назревала династическая война, исход великой гражданской войны в Риме между Помпеем и Цезарем решился в битве при Фарсале. Помпей бежал в Египет, надеясь, что старые узы, которые связывали его с царской семьей, обеспечат ему там убежище. Он направился не в Александрию, а в лагерь юного царя на побережье у Пелусия. Тогда произошла ужасная измена: когда Помпея перевозили в лодке с корабля на берег, его убил офицер — «габиниец» Септимий по приказу дворцовой клики — Ахилл лично присутствовал при убийстве, чтобы наблюдать за ним, — прямо на глазах мальчика Птолемея, который с берега смотрел на злодеяние, облаченный в свою пурпурную хламиду (сентябрь 48 года до н. э.).