Почти через год после образования ВЧК были проанализированы итоги и определены задачи по совершенствованию методов борьбы с противниками советской власти. 6 декабря 1918 г. приказом № 97 «О методах работы органов ЧК» обращено внимание органов ВЧК на установление секретной агентуры, негласного надзора за белогвардейцами, которые работали на должностях специалистов. Перед чекистами была поставлена задача «как можно аккуратнее подходить к объектам их борьбы, предварительно выследив этих господ и только после приступить к аресту», нельзя действовать «сплеча».

19 декабря 1918 г. в приказе ВЧК № 113 «О методах работы ЧК» указаны основные недостатки в работе местных органов ЧК: часто применяют такие методы и приемы борьбы, которые идут вразрез политики советской власти и компартии; в то время как прилагаются усилия по налаживанию хозяйственного и военного механизма, активного использования колеблющихся специалистов, не дают возможности этого выполнить, «арестовывая их на каждом шагу». Поэтому было предложено несколько изменить методы работы ЧК: «не терроризировать мирную обывательскую среду, дав ей возможность окончательно убедиться в прочности и необходимости существования советской власти», быть сугубо осторожными по отношению к рабочим и беднейшим крестьянам; не мешать работать специалистам, но установить за ними строжайшее негласное наблюдение; в освобожденных районах провести чистку аппарата, уделив особое внимание железным дорогам. В целом перейти к более сложным и осмотрительным, «но не менее решительным приемам борьбы с настоящими врагами»[638].

Победы Красной армии и успехи ВЧК не приблизили конца Гражданской войны. Во все большей степени на положение страны оказывал влияние внешний фактор – изменение расстановки сил на международной арене в пользу Антанты. Её главное командование разработало подробный план интервенции, политической целью которой стало уничтожение большевизма. К концу 1918 г. силы интервентов составили 23 тыс. человек, из которых 10 тыс. прикрывали Мурманск, а 13 тыс. – Архангельск. Им противостояли Красная армия, войска и органы ВЧК. В 1918 г., по неполным данным, ВЧК раскрыла 160 антибольшевистских организаций: 25 кадетских, 26 эсеровских, 5 левоэсеровских, 15 меньшевистских, 68 черносотенных и других[639].

В 1918 г. армейские чекисты под руководством Дзержинского провели колоссальную работу по очистке Красной армии от преступных элементов. Так, только ЧК 1-й армии Восточного фронта с июля по октябрь 1918 г. возбудила 145 дел на контрреволюционеров, шпионов, дезертиров и саботажников.