До 1919 г. свыше 40 тыс. бойцов войск ВЧК направлено на фронт. Они сражались с белогвардейцами и интервентами в составе 3-й и 14-й армий, участвовали в обороне Уральска и других городов, а также участвовали в подавлении антисоветских выступлений и бандитизма, ликвидации контрреволюционных организаций, охраны правительственных учреждений и др.
Еще в ноябре 1918 г. президиум Моссовета назначил Дзержинского председателем Московской ЧК. На этом посту он работал до середины 1920 г. А январь 1919 г. у председателя ВЧК и МЧК начался с поездки на Восточный фронт. В этом была крайняя необходимость. В середине декабря 1918 г. там создалось весьма опасное положение. 24 декабря 3-я армия РККА оставила Пермь и отошла за р. Каму. Белогвардейцы форсировали реку с ходу, захватили на ее правом берегу обширный плацдарм и создали угрозу г. Вятке.
3 января председатель Совета Рабочей и Крестьянской Обороны подписал мандат ее членам и уполномоченным Совета и РВС Республики И.В. Сталину и Ф.Э. Дзержинскому. Им было поручено расследовать причины падения Перми, «сдачи в плен частей 3-й армии, дальнейших неудач наших войск в районе действий этой армии и причин несвоевременной эвакуации Перми». Им были предоставлены права: 1) требовать объяснений от всех властей, находящихся в этом районе; 2) смещать должностных лиц, причем ответственных военных работников с согласия Революционного Военного Совета Республики; 3) предавать суду Военно-революционного трибунала виновных». Все советские организации были обязаны Сталину и Дзержинскому «оказывать полное содействие»[640].
После отъезда Ф.Э. Дзержинского Новый год для советского вождя начался со встречи с налетчиками 6 января, с бандой Я. Кошелькова, подмявшего под себя весь криминал Москвы. Около 16 часов шестеро вооруженных бандитов остановили машину, в которой находились Ленин, водитель и охранник. Бандиты, не узнав вождя, отобрали у него документы и пистолет. Поймать налетчиков по свежим следам не удалось, и только 3 февраля после ареста одного из членов банды и после его допроса Дзержинским задержаны, осуждены и расстреляны пять бандитов, а Кошельков продолжал совершать грабежи и убийства до того, как попал в засаду чекистов.
Для председателя ВЧК командировка на Восточный фронт была сложной. Создалась угроза прорыва белых к Котласу и соединения их с англо-американскими интервентами, наступавшими от Архангельска, и Дзержинскому приходилось заниматься не только расследованием, но и укреплением боеспособности армии и наведением порядка в тылу.