3 апреля 1919 г. Дзержинский издал приказ губЧК установить бдительный надзор за хлебными складами, железнодорожными сооружениями и путями, за всеми объектами стратегического назначения, чтобы не дать возможности злоумышленникам хоть на минуту приостановить доставку продовольственных грузов, а «ко всем пойманным на месте преступления применять самую суровую кару. Всех агитировавших против советской власти предавать суду реорганизованного ревтрибунала, не считаясь с их партийной принадлежностью». По каждому происшествию он требовал обстоятельного разбирательства и выработки конкретных решений, согласованной работы всех ведомств. Опасаясь стремления белогвардейцев и бандитов помешать подвозу продовольствия голодающим путем попыток взрывов железнодорожных мостов и путей, складов на станциях[655].
Тем временем в Прибалтике и Белоруссии буржуазно-националистические войска перешли в наступление. Поляки в апреле 1919 г. захватили гг. Лида, Барановичи и Вильнюс. В Латвии немецко-русско-латвийская армия фон дер Гольца в марте овладела Елгавой, а в мае – Ригой, на Петроград перешел в наступление сформированный на территории Эстонии белогвардейский Северный корпус. Белогвардейцам удалось захватить Гдов, Ямбург и Псков.
Сложным было положение в Красной армии: участились измены военных специалистов, порой они носили массовый характер. Только в 3-й армии из 500—600 офицеров за январь – февраль 1919 г. ЧК и ревтрибуналы зафиксировали до 100 измен, из них около 50 случаев перехода на сторону противника.
В центре работы председателя ВЧК были различные вопросы, связанные с Красной армией. 11 мая 1919 г. он поручил М.С. Кедрову обратить особое внимание на состояние армии на Литовско-Белорусском фронте и организовать особые отделы в штабах в Смоленске, в Западной и Литовской дивизиях: «Там полная расхлябанность и признаки измены»[656].
Не ранее 19 мая 1919 г. СТО поручил Дзержинскому и Склянскому «принять самые энергичные меры к тому, чтобы извлечь из страны то оружие, которое до сих пор не используется для военных надобностей, и передать его Военному ведомству». Особое внимание было обращено на Донскую область. Вместе с тем от них требовалось проверить фактическую наличность оружия у Военного ведомства, еженедельно делая доклады в Совете Обороны по данному вопросу[657].
В связи с массовым призывом во второй половине 1918 – первой половине 1919 г., переходом к всеобщей воинской повинности появилось дезертирство, которое вскоре приобрело значительные масштабы. На начальном этапе строительства Красной армии дезертирства не было, так как она комплектовалась по принципу добровольности. После июньского решения Центральной комиссии по борьбе с дезертирством Дзержинский предложил чекистам «проверить отношение к отбыванию воинской повинности личные составы советских учреждений, оказывать всякое содействие местным органам по борьбе с дезертирством в выполнении ими вышеупомянутых обязанностей».