Но если М.Д. Бонч-Бруевич был хорошим специалистом, поддерживал советскую власть, то многие военспецы оставались противниками большевиков.

В июне 1919 г. ВЧК арестовала членов «Национального центра» военных специалистов, поднявших мятеж на фортах Красная Горка и Серая Лошадь, а в июле началась ликвидация Петроградского отделения «Национального центра» (В.И. Штейнингер и другие) и связанной с ним шпионской организации П. Дюкса. Письма, найденные у убитого и двух задержанных при переходе границы, помогли чекистам выйти на след подпольщиков и в июле – августе 1919 г. ликвидировать в Петрограде отделение Центра. Но московское отделение Центра продолжало готовить восстание в те дни, когда армия Деникина пыталась прорваться к городу. Как в свое время под Петроградом враги сдали Красную Горку, чуть было не сдали Кронштадт и Петроград, так теперь пытались открыть врагу ворота в столицу.

События в укрепленном районе Кронштадтской крепости были подготовлены организацией военных специалистов, связанных с белогвардейскими организациями Кронштадта и Западного фронта. Председатель ВЧК допросил арестованных: нач. разведки Полевого штаба Б.И. Кузнецова, состоявшего для поручений при главкоме Е.И. Исаева, преподавателя Академии Генштаба Ю.И. Григорьева, порученца начштаба Малышева и личного адъютанта Вацетиса Дылана. Это позволило более обстоятельно выявить планы заговорщиков. В частности, установлена подготовка выступления в Туле с захватом оружейных заводов; желание заговорщиков «использовать Вацетиса для переворота, но некоторые из них возражали, ссылаясь на его непостоянство и болтливость в пьяном виде», предприняты попытки связаться с Деникиным, интервентами и с зарубежными организациями. Данные задачи решали Исаев, Меньшов, Н.Н. Доможиров, Кузнецов и Григорьев. Эти военные специалисты координировала действия фронтов за исключением Восточного и готовила захват аппарата управления Красной армии в руки своих людей. И через назначенных на ответственные посты в армии подготовить захват военного аппарата и с его помощью произвести военный переворот, установив военную диктатуру. Во главе восставших частей хотели поставить Вацетиса. Организация имела связи с Колчаком, Деникиным, передавала сведения военного и политического характера в Париж.

В рапорте Дзержинского и заместителя председателя Особого отдела ВЧК Павлуновского в РВС Республики сообщалось о том, что в Серпухове организация опиралась на 5-й стрелковый латышский полк. В Москве через преподавателя Академии Генштаба Григорьева, связанного с московской белогвардейской организацией, – на часть расквартированных в городе полков, с этой же целью начальник штаба Западного фронта назначается командармом 15-й армии, а Эрнест Вацетис – членом РВС той же армии. Доможиров и Вацетис должны были руководить восстанием 15-й латышской армии, где главком Вацетис якобы был очень популярен. Главком Вацетис должен был стать во главе восставших частей и, по его словам: «Тряхнуть Москвой». Поэтому ВЧК и Особый отдел ВЧК арестовали Главкома И.И. Вацетиса и исполняющего обязанности начальника штаба Костяева «за недонесение о существовании в Полевом штабе организации, подготовлявшей восстание», и участников организации. А также состоящего для поручений при главкоме Исаева, начальника разведки Полевого штаба Кузнецова, порученца при начальнике штаба Малышева, преподавателя Академии Генштаба Григорьева, Эрнеста Вацетиса, его личного адъютанта Дылана, коменданта штаба и его помощника.