В телеграмме Л.Д. Троцкому и В.И. Ленину Ф.Э. Дзержинский, Н.Н. Крестинский и Э.М. Склянский сообщили: «Вполне изобличенный в предательстве и сознавшийся Доможиров дал фактические показания о заговоре, в котором принимал деятельное участие Исаев, состоящий издавна для поручений при главкоме и живший с ним в одной квартире. Много других улик, ряд данных, изобличающих главкома в том, что он знал об этом заговоре. Пришлось подвергнуть аресту главкома»[670].

Данные о И.И. Вацетисе не подтвердились, и после 97-дневного заключения он был освобожден. В последующем, 6 ноября 1919 г., Политбюро ЦК РКП(б) по предложению Дзержинского и Павлуновского решило применить объявленную ВЦИК амнистию ко второй годовщине Октябрьской революции к арестованным в июле по делу Полевого штаба генштабистам Доможирову, Малышеву, Григорьеву и Исаеву, причем последнему не давать никаких «ответственных назначений», а ВЧК установить за ним надзор.

11 июля 1919 г. СТО, заслушав сообщение В.И. Ленина по «Проекту постановления о мерах борьбы с контрреволюционными элементами в армии», постановил: «Поручить т. Склянскому, Смилге и Дзержинскому ознакомиться с проектом постановления о мерах борьбы с контрреволюционными элементами в армии и дать свое заключение не позже среды, 16/VII с. г. В случае единогласного одобрения его поручить т. Ленину подписать от имени Совета Обороны».

За последние недели органам ВЧК удалось захватить руководителей белогвардейских военных организаций, готовивших и отчасти пытавшихся уже осуществить вооруженное выступление для оказания помощи белогвардейцам и интервентам на Севере и в других районах. Среди уничтоженных предателей оказались: начальник штаба Кронштадтской крепости А.В. Будкевич, начальник штаба военно-морской базы Балтийского флота А.Ю Рыбалтовский, помощник главного инженера Кронштадтского порта С.А. Грицай, инженер-механик миноносца «Достойный» А.М. Ануров, помощник командира эскадренного миноносца «Украина» А.А. Ливанов, старший штурман линейного корабля «Петропавловск» С.А. Селлинга, писарь Кронштадтского порта, социалист-революционер В.Я. Кулеш. «Помимо перечисленных преступников, – указал Дзержинский. – арестовано и расстреляно большое количество лиц, изобличенных (частью сознавшихся) в участии в белогвардейских организациях военного характера. Относительно других ведется следствие, которое дает обильный материал для раскрытия белогвардейских организаций в различных городах и районах…»[671]

11 июля 1919 г. председатель ВЧК обратился к лицам, случайно оказавшимся в рядах белогвардейских организаций. Отметив, что враги советской власти стремятся дезорганизовать оборону Республики и ее тыл, о чем свидетельствовали события под Петроградом, на Красной Горке и на Карельском участке Северного фронта, он заявил: «Именно поэтому Всероссийская чрезвычайная комиссия как орган борьбы с контрреволюцией считает своим долгом усилить расправу с виновными в подобного рода преступлениях…