Дела Рокфеллеровского центра шли на лад: арендаторы уже записывались в очередь: четыре сотни компаний мечтали получить там офисы, так что пришлось достроить еще 93 тысячи квадратных метров, в том числе башню для компании «Эссо» (Eastern States Standard Oil) — так с 1932 года называлась «Стандард ойл Нью-Джерси». Очередь в мюзик-холл, где давали пять спектаклей в день, вытягивалась от угла Шестой авеню и 50-й улицы до Пятой авеню и 52-й улицы — на четыре квартала. Джону Рокфеллеру-младшему вернули долг в 57,5 миллиона долларов, и он разделил эти деньги между сыновьями. Нельсону было этого мало — он с головой ушёл в политику. Франклин Д. Розвельт, вновь избранный президентом в 1944 году (в четвёртый раз — единственный случай!), назначил его заместителем госсекретаря по делам Американских республик.

В декабре 1944 года в Мехико состоялся Межамериканский конгресс. Вернувшись оттуда, Нельсон уговорил отца передать в дар Нью-Йорку земельный участок на Манхэттене стоимостью 8,5 миллиона долларов для возведения на нём здания для Организации Объединённых Наций. В марте 1945 года, по инициативе Нельсона, Межамериканская конференция по вопросам войны и мира приняла Чапультепекскую декларацию о взаимопомощи и солидарности, рекомендовавшую странам Латинской Америки заключить в мирное время военный союз под эгидой США. От имени США этот документ подписал Рокфеллер. В апреле в составе американской делегации он прибыл на конференцию в Сан-Франциско, где был утверждён Устав ООН. Там он лоббировал идею региональных договоров (типа Чапультепекской декларации) в рамках ООН и убедил руководство организации разместить её штаб-квартиру в Нью-Йорке (это произойдёт в 1946 году).

Ещё до завершения конференции, 12 апреля, скончался президент Рузвельт; новым главой государства стал бывший вице-президент Гарри Трумэн, существенно поменявший внешний курс. В августе две американские атомные бомбы разрушили Хиросиму и Нагасаки, хотя капитуляция Японии была лишь вопросом времени.

В конце лета Нельсон, уволенный из Госдепартамента, вернулся в Нью-Йорк. Отношения с Трумэном у него не сложились настолько, что он чувствовал себя «парией» в вашингтонском истеблишменте. Тем не менее он не пал духом и не опустил рук. Активно занимаясь развитием Рокфеллеровского центра как председатель его правления, он создал попутно две организации: некоммерческую (в 1946 году) — Американскую международную ассоциацию экономического и социального развития и коммерческую (в 1947-м) — Международную корпорацию базовой экономики (IBEC), которая вкладывала деньги в развитие Венесуэлы и Бразилии. Не пропадать же былым усилиям! Ассоциация занималась внедрением передовых технологий и управленческих моделей в экономику развивающихся стран, помогала их правительствам бороться с неграмотностью, болезнями и бедностью. Корпорация открывала в этих странах свои компании, которые своей успешной деятельностью должны были поощрять местных инвесторов создавать им конкурентов и таким образом двигать экономику вперёд. Действуя собственным примером, Нельсон учредил образцово-показательные фермы в Венесуэле, Эквадоре и Бразилии. С разрешения управляющих своего трастового фонда Дэвид вложил в IBEC целый миллион долларов и не пожалел об этом. Настало время «собирать камни».