«Это самая дикая и далёкая страна, где я когда-либо был», — записал Майкл в дневнике. Асматы ходили войной друг на друга, отрезали головы убитых врагов и ели их тела. В некоторых посёлках присутствовали странные ритуалы: мужчины совокуплялись между собой и иногда даже пили мочу друг друга. Они верили, что мир за пределами их острова населён духами, а потому первых белых людей приняли за сверхъестественных существ.

Успех первой экспедиции дал Майклу заряд бодрости. Он составил план подробного антропологического исследования асматов, не отказавшись от мечты выставить однажды произведения их искусства в музее своего отца. В 1961 году он снова отправился в Новую Гвинею с голландским коллегой Рене Вассингом. 17 ноября их катамаран перевернулся в пяти километрах от берега. Два проводника безуспешно пытались вплавь добраться к ним на помощь. Учёные цеплялись за свою лодку, их сносило всё дальше в океан. Утром 19-го Рокфеллер сказал Вассингу, что попробует доплыть до берега, до которого теперь было около 19 километров. Вассинг остался; его спасли на следующий день. А вот Рокфеллера больше никто не видел, тела тоже не нашли. Решили, что он утонул или был съеден акулами. Поиски продолжались две недели; все крупнейшие газеты мира сообщили об исчезновении отпрыска Рокфеллера.

Двадцать первого декабря губернатор голландской Новой Гвинеи отправил секретную телеграмму министру внутренних дел Нидерландов. Она частично сохранилась в архивах, несмотря на пометку «уничтожить». Два священника-миссионера сообщили властям, что Рокфеллера, которому всё же удалось добраться до берега, убили и съели асматы: на этом самом месте в 1958 году голландский патруль застрелил вождей местного племени, и теперь оно отомстило белому. Губернатор считал, что при отсутствии прямых улик эту информацию лучше не сообщать ни прессе, ни отцу погибшего. (В то время Нидерланды вели борьбу с Индонезией и США, пытаясь сохранить контроль над своей последней ост-индской колонией, предоставив ей независимость, и политичнее было представить папуасов цивилизованным народом. В 1961 году в западной части острова провели выборы в парламент; в ответ Индонезия ввела туда войска и начала массовую депортацию папуасов.) Одного из миссионеров, ван Кесселя, который хотел поехать в Америку и рассказать обо всём родным Майкла Рокфеллера, выслали на родину. Но в марте 1962 года Ассошиэйтед Пресс напечатала сенсационную новость об обстоятельствах гибели учёного, основываясь на письме третьего миссионера. Нельсон связался с посольством Нидерландов в США, те позвонили в Гаагу. Министр иностранных дел ответил, что ведётся расследование.