Черед Оппенгеймера явиться на особое заседание КРАД за закрытыми дверями наступил 7 июня 1949 года. На допрос прибыли шесть конгрессменов, в том числе Ричард М. Никсон (депутат нижней палаты конгресса от штата Калифорния). Считалось, что Оппенгеймера вызывают в роли председателя консультативного комитета КАЭ по общим вопросам. Однако искушенные конгрессмены не собирались расспрашивать его о политике в области ядерных вооружений, их интересовали охотившиеся за атомными секретами шпионы. Предчувствуя недоброе, Оппенгеймер все же решил явиться без адвоката, потому что не хотел выглядеть виноватым. Вместо адвоката он прихватил с собой Джозефа Вольпе, которого заранее представил как старшего юрисконсульта КАЭ. В течение двух часов Роберт демонстрировал дружелюбие и сговорчивость.

Юрист КРАД вначале заявил, что комиссия не намерена ставить Оппенгеймера в неловкое положение. Однако первым же вопросом было: «Вам известен факт, не так ли, что определенные ученые лаборатории радиации являлись членами коммунистической ячейки?» Оппенгеймер ответил отрицательно. После этого его попросили рассказать о политической деятельности и взглядах его бывших учеников. Роберт отрицал, что еще до войны знал о членстве Вайнберга в Компартии. «Он приехал в Беркли после войны, — уточнил Оппенгеймер, — и взгляды, которые он выражал в это время, отнюдь не были коммунистическими».

Юрист КРАД спросил Оппенгеймера о другом бывшем ученике, докторе Бернарде Питерсе. В ответе Роберта отразилась его типичная наивность. Он полагал, что раз свидетельствует на закрытом слушании, его слова не будут преданы огласке. Правда ли, спросил юрист КРАД, что Оппенгеймер сообщил офицерам службы безопасности Манхэттенского проекта, будто Питерс «опасный человек и наверняка красный»? Оппенгеймер признал, что говорил нечто в этом роде капитану Пиру де Сильве, отвечавшему за соблюдение секретности в Лос-Аламосе. В ответ на просьбу привести подробности Оппенгеймер объяснил, что Питерс состоял в Коммунистической партии Германии и участвовал в уличных битвах с нацистами. Потом его отправили в концлагерь, откуда он чудом сбежал, прибегнув к хитрости. Роберт также добавил, что, прибыв в Калифорнию, Питерс «яростно критиковал» Коммунистическую партию как «недостаточно преданную делу свержения правительства [США] насильственным путем». На вопрос, откуда он знает, что Питерс был членом КПГ, Оппенгеймер ответил: «Помимо всего прочего, он сам мне об этом говорил».

По-видимому, Питерс вызывал у Оппенгеймера неприязнь. В мае, за месяц до слушания, когда Роберт участвовал в конференции Физического общества, о Питерсе спросил старый друг Оппи Сэмюэл Гаудсмит. В качестве консультанта КАЭ Гаудсмит иногда проверял дела, связанные с вопросами безопасности. Питерс попросил его узнать, почему его задвигают, поэтому Гаудсмит поднял досье на Питерса и прочитал слова Оппенгеймера об «опасном человеке», сказанные де Сильве. Когда Гаудсмит спросил Оппи, не изменил ли он своего мнения о Питерсе, тот озадачил его, ответив: «Да вы на него сами посмотрите. Разве такому можно доверять?»