Хотя Оппенгеймер не мог защитить бывших учеников, сам он иногда вел себя так, словно боялся быть заподозренным в близких с ними отношениях. Эти люди представляли собой связующее звено с его политическим прошлым и тем самым — угрозу его политическому будущему. Он явно испытывал страх. Когда Бом потерял работу в Принстонском университете, Эйнштейн предложил взять его в Институт перспективных исследований своим ассистентом. Великий ученый все еще не отказывался от мысли о пересмотре квантовой теории и говорил, что «если кто и способен это сделать, то только Бом». Оппенгеймер зарубил идею. Бом мог обернуться для института политической обузой. По рассказу одного свидетеля, Оппенгеймер даже приказал Элеанор Лири не пускать Бома в институт. Лири объявила сотрудникам института: «Доктор Оппенгеймер не принимает Дэвида Бома. Не принимает».

С точки зрения целесообразности у Оппенгеймера имелись все основания держаться от Бома подальше. Но, с другой стороны, когда Бом узнал о месте преподавателя в Бразилии, Оппенгеймер написал твердое рекомендательное письмо. Бом провел остаток карьеры за границей, сначала в Бразилии, потом в Израиле и, наконец, в Англии. Когда-то он глубоко уважал Оппенгеймера, и, хотя со временем эти чувства стали двойственными, Бом не винил Оппи в своем изгнании из Америки. «Мне кажется, что он, насколько мог, поступал со мной честно», — говорил Бом.

Бом понимал, что Оппенгеймер испытывает большие душевные мучения. Вскоре после газетных сообщений о свидетельстве Оппи против Питерса на заседании КРАД Бом вызвал бывшего учителя на честный разговор. Он напрямую спросил, почему тот оговорил товарища. «Он сказал мне, что у него в тот момент сдали нервы, — вспоминал Бом. — Ему стало невмоготу. <…> Я не запомнил его слова в точности, но смысл был именно такой. У него есть склонность совершать иррациональные поступки, когда ему становится невмоготу. Он сказал, что сам не понял, зачем это сделал». Разумеется, это случилось с ним не впервые. Так было на беседе с Пашем в 1943 году, во время аудиенции у Трумэна в 1945 году и еще случится во время слушаний по вопросу об отзыве секретного допуска в 1954 году. Бернард как-то заметил в разговоре с Вайскопфом: «Он [Оппенгеймер] явно до слез боится слушаний, но это — плохое объяснение. <…> Очень печально видеть человека, которого я так высоко ценил, в состоянии столь низкого морального падения».

Всего через шесть дней после дачи свидетельских показаний КРАД, в начале июня 1949 года, Оппенгеймер был вызван в Вашингтон под свет юпитеров на открытое заседание Объединенной комиссии конгресса по ядерной энергии. На заседании обсуждался вопрос экспорта радиоизотопов, предназначенных для научных исследований в зарубежных лабораториях. Единственный член комиссии, выступивший против, Льюис Стросс, был убежден, что экспорт таких материалов опасен, потому что радиоизотопы могли найти применение в производстве атомной энергии. Незадолго до заседания, пытаясь добиться отмены постановления КАЭ, Стросс выступил против экспорта изотопов на слушании в Объединенной комиссии.