Тем не менее боевой успех всё-таки сопутствовал наступающим. Как рассказывал потом Александр Игнатьевич Седякин, в трудные минуты комиссар Ворошилов постоянно появлялся в гуще бойцов. Он воодушевлял их словом и личным примером. Ему пришлось несколько раз поднимать с земли смертельно уставшую от жестоких схваток с повстанцами пехоту и вести в атаки.

В то время когда на южном участке шли ожесточённые баталии, Северная группа войск вела наступление на островные бастионы и береговые батареи. У наиболее сильно укреплённого форта № 6 разгорелась особенно жаркая схватка. Гибли, получали тяжёлые увечья бойцы обеих сторон. Так, при штурме форта от батальона курсантов, атаковавшего оборонительные позиции мятежников, осталось в строю лишь 25 человек, остальные были убиты, ранены или контужены.

Красноармейцы наконец сломили сопротивление повстанцев форта № 6 и навалились на форты № 4 и № 5. К половине седьмого утра они были захвачены...

Бои на улицах Кронштадта шли на протяжении всего дня 17-го числа. Части 167-й бригады Боброва отрезали от порта мятежные корабли, стоявшие в гавани. Это было весьма важно. Нельзя допустить, чтобы восставшие, особенно их руководители, беспрепятственно ушли в Финляндию. В целях пресечения возможной вылазки со стороны команд линкоров было выставлено по линии берега боевое охранение, однако явно недостаточное по численности красноармейцев. Этим воспользовались некоторые активисты мятежа и рядовые матросы: под покровом наступающей темноты им удалось бежать с кораблей.

С тяжёлыми боями войска овладели фортами № 1, № 2, «Милютин» и «Павел». Что касается фортов «Риф» и «Шанец» с грозными батареями крепостных орудий, штурмовать их не пришлось: они были покинуты защитниками ещё до начала штурма — все ушли по льду залива в Финляндию.

А в городе продолжались яростные контратаки. В полдень повстанцы так нажали, что красноармейским частям пришлось отступить от центра к пристани. Если бы матросы чуть сильнее надавили, наступающие оказались бы на льду. В этот момент командование Южной группы бросило в бой один из последних своих козырей — кавалерийский полк 27-й дивизии. Конники на бешеном галопе с шашками наголо влетели в крепость. Этот неожиданный лихой кавалерийский налёт привёл повстанцев в паническое замешательство. Воспользовавшись этим, отступавшие бригады ударили по дрогнувшим мятежникам.

Дыбенко позже напишет:

«К 17 часам 17 марта одна треть города была в наших руках. Вскоре мы узнали, что в это время мятежный штаб решил продержаться на опорных пунктах города до наступления темноты и ночью напасть на измученных суточным боем красноармейцев, вырезать их и снова овладеть Кронштадтом... Но этот коварный замысел мятежникам не удалось привести в исполнение. В 20 часов красные войска были двинуты в решительное наступление, поддержанное прибывшей по льду артиллерией. К 23 часам все опорные пункты были заняты красными частями, и мятежники начали сдаваться целыми партиями в плен».