Шпатель стал свидетелем оформления в следственную комиссию арестованных моряков, как рядовых, так и командиров с линкора «Петропавловск». Перед входом в приёмную тюрьмы, прямо на улице, стояла шеренга мятежников, по двое в ряд, окружённая плотным кольцом красных курсантов. Арестованных было около полутора сотни. Огромного роста чекист в длинной до колен гимнастёрке, широких брюках-галифе, блестящих сапогах и кубанке на голове, активно используя увесистую ремённую нагайку, с матерком запускал в кутузку для допроса человек по пять. Фамилию верзилы — Куликов — Шпатель хорошо запомнил. Куликов с ухмылкой говорил арестованным: «Хорошо стреляли, сукины дети!» Кто-то из матросов заметил ему: «Те, что стреляли, давно в Финляндии!» «Кто это сказал?!» — вскричал Куликов. «Я», — отозвался один из моряков. «Ты артиллерист?» — спросил Куликов. «Нет, кочегар», — был ответ. «Выходит, подняться из кочегарки наверх успел, а убежать не успел. Будешь и за себя, и за тех, которые улепетнули к финнам, расплачиваться...»[243]
Следственная комиссия приговорила большую группу арестантов без права обжалования к смертной казни. По приказу Дыбенко приговорённых кончали прямо перед крепостью, на финском льду. «Миндальничать с этими мерзавцами не приходится», — с возмущением говорил Дыбенко о моряках, сам в недалёком прошлом моряк.
Советское руководство рассматривало Кронштадтское восстание серьёзнейшей угрозой большевистской диктатуре. Принимая жёсткие меры к участникам мятежа, оно после его подавления считало важнейшей для себя задачей не только сурово наказать восставших, но и стереть страхом смерти в сознании людей дух вольнодумия и борьбы против правящей партии.
В Кронштадте шли повальные аресты как активистов-боевиков, так и тех, кто не брал в руки оружия, но был солидарен с мятежниками. Репрессии осуществляли Петроградский Губчека, Чрезвычайная тройка Кронштадтского особого отделения, Военно-революционный трибунал Петроградского военного округа, Коллегия особого отдела охраны финляндской границы Российской Советской Республики. Преследованию подвергались непосредственные участники восстания, а также те, кто должен был выступить на разгром их, но выказал колебания, нерешительность или сочувствие кронштадтцам.
Параллельно с репрессиями против мятежников в Кронштадте и Петрограде проходили траурные церемонии — проводы в последний путь погибших красных бойцов и командиров. Во время штурма города-крепости погибли от пуль и снарядов, утонули в ледяных прорубях немалое число красноармейцев.