Ворошилов 2 сентября издал приказ по войскам округа о переходе к решительным действиям против бандитизма. В нём он требовал: избегать малой войны, что только развивает бандитизм, но перейти к его полному уничтожению; оккупируя антисоветски настроенные станицы и районы, применять к местному населению карательные меры; захваченных в бою с оружием следует беспощадно расстреливать, семьи не сдавшихся бандитов выселять за пределы округа, их имущество конфисковывать, передавая беженцам из голодающих губерний; в «заражённых бандитизмом районах» предлагалось брать заложников от неспокойных станиц и содержать их при особых отделах дивизий, ввести ответственность населения за укрывательство, строгий учёт и именную перепись всего мужского населения.

Революционный военный совет Российской Советской Республики 16 сентября своим приказом включил в состав СКВО Горскую и Дагестанскую автономные республики, а также Кабардинскую автономную область. На присоединённой территории была предпринята попытка сформировать стрелковые и кавалерийские бригады и полки из местного населения. Однако вскоре Ворошилов сообщал в Москву, что «дальнейшую вербовку туземцев вынуждены приостановить», поскольку значительная их часть, получив обмундирование, дезертировала. Командующий СКВО отметил усиление на этой территории антисоветской агитации групп «с национальным чувством ненависти к русским», особенно в Чечне (Шатой и Ведено).

В первых числах ноября Ворошилов доложил главкому Каменеву, что обстановка в СКВО остаётся напряжённой: около 55 процентов состава войск округа ведут непрерывную борьбу с бандитизмом, тенденции коего, несмотря на приближение зимы, не склонны идти на понижение. Основной и главной целью повстанцев было и есть стремление к подрыву устоев Советского государства. Особо беспокоит осложнение обстановки в местностях Северного Кавказа с мусульманским населением. Там разгорается открытое движение против русских на религиозной и националистической основе...

Штаб округа, политическое управление, другие управления, отделы и службы почти весь 1921 год находились в стадии формирования. Начальником штаба СКВО с мая был назначен военспец Виктор Николаевич Чернышёв — полковник старой Русской армии, опытный штабист, перешедший после Октября на сторону Советов. В 1918-м он поступил на службу в РККА. Проработал начштаба в СКВО недолго, чуть более полугода, и убыл командовать 8-м стрелковым корпусом.

Вместо Чернышёва по просьбе Ворошилова прислали Алексея Макаровича Перемытова, служившего на Западном фронте. Как и Чернышёв, Перемытов из военспецов, бывший капитан. Климент Ефремович близко познакомился с ним во время подавления Кронштадтского мятежа, когда Перемытов руководил штабом 7-й армии.