В 60-х годах XVII в. благодаря отсутствию энергии у лиц, ведших после Никона дело исправления, и благодаря тому, что власть терпимо относилась к протестам, раскол явно креп в Москве; к нему открыто примыкали некоторые иерархи (например, Александр Вятский), и «соблазн» становился смелее год от году. В таком положении в 1666 г. в Москве решили созвать о расколе церковный собор. Он состоялся весной 1666 г. Прежде всего на соборе занялись обсуждением предварительных вопросов: православны ли греческие патриархи? Праведны ли и достоверны ли греческие богослужебные книги? Праведен ли Московский собор 1654 г., решивший исправление книг и обрядов? При обсуждении собор на эти вопросы ответил утвердительно и тем самым признал правильную реформу Никона, утвердил ее и осудил принципиально раскол. Затем собор судил известных нам расколоучителей и присудил их к лишению священных санов и к ссылке. Все они (кроме Аввакума и дьякона Федора) принесли после собора покаяние и были приняты в церковное общение. После суда собор составил окружную грамоту духовенству с наставлением следовать церковной реформе, а затем рассмотрел и одобрил к изданию ученую апологию церковной реформы, книгу известного киевлянина Симеона Полоцкого «Жезл правления» (Москва, 1666), которая направлена была против раскольничьих писаний и начинает собой ряд последующих полемических сочинений о расколе.

Тотчас после собора 1666 г. состоялся в Москве в 1666–1667 гг. «великий собор» церковный с участием патриархов Александрийского и Антиохийского. Собор был созван о деле патриарха Никона, но занялся и расколом. Он одобрил все частности Никоновой реформы (хотя осудил Никона, как увидим ниже) и изрек анафему на тех, кто ослушается его постановлений и не примет нововведений Никона. Эта анафема в истории нашего раскола получила большое значение. Ею все последователи старой обрядности поставлены были в положение еретиков; она до сих пор служит камнем преткновения для сближения старообрядцев с православием, даже в единоверии. Тогда же эта анафема еще бесформенное движение – хотя сильную, но шедшую вразброд оппозицию – сразу превратила в формальный раскол и вместо того, чтобы уничтожить смуту, как надеялся собор 1667 г., только усилила и обострила ее. С той поры, с 1667 г., мы наблюдаем, с одной стороны, дальнейшее распространение раскола и внутреннее развитие его доктрин (в конце XVII в. в расколе стала формироваться двоякая организация: поповщинская и беспоповщинская), с другой стороны – ряд мер, принимаемых против раскола церковью и государством, пришедшим на помощь церкви. Эти меры были двух родов: увещевательные и карательные. Первые создали у нас обширную полемическую литературу о расколе, вторые же поставили раскольников в исключительное положение в государстве. До 50-х годов XIX в. о расколе знали только по догматически-полемическим сочинениям, направленным против раскольников. Научное же исследование раскола как исторического явления стало возможно, по чисто внешним условиям, только со второй половины XIX столетия. В 60-х и частью 50-х годах исследование раскола пошло очень оживленно, стали издавать памятники раскольничьей литературы, писать очерки раскольничьего быта, исследовать историю раскола. Длинный ряд исторических трудов о расколе открывается «Историей Русского раскола» (СПб., 1855) Макария, епископа Винницкого, затем митрополита Московского. Из прочих трудов назовем труд А. П. Щапова «Русский раскол старообрядчества», труды П. И. Мельникова «Письма о расколе» и «Исторические очерки поповщины»[8]. Начальная история раскола прекрасно рассмотрена в XII томе «Истории Русской церкви» митрополита Макария, а особенно в книгах профессора Каптерева «Патриарх Никон и его противники» и «Патриарх Никон и царь Алексей Михайлович» (2 тома). В массе прочих трудов, к сожалению, весьма много несолидных произведений. Писали историю и сами раскольники. Из их исторических трудов стоит упомянуть «Виноград Российский» Семена Денисова (XVIII в.), где заключаются сведения о начале и распространении раскола, и «Хронологическое ядро старообрядческой церкви» Павла Любопытного (перечень событий с 1650 по 1819 г.). Но оба эти труда не научны. В последнее время появился замечательный труд В.Гр. Дружинина «Писания русских старообрядцев» (СПб., 1912), содержащий в себе полный перечень произведений старообрядческой письменности.