В 1662 г. приехал в Москву отставленный от своей должности митрополит Газский Паисий Лигарид, очень образованный грек, много скитавшийся по Востоку и приехавший в Москву с целью лучше себя обеспечить. В XVII в. греческое духовенство очень охотно посещало Москву с подобными намерениями. Ловкий дипломат, Паисий скоро успел приобрести в Москве друзей и влияние. Всмотревшись в отношения царя и патриарха, он без труда заметил, что звезда Никона уже померкла, понял, на чью сторону ему должно стать: он стал против Никона, хотя сам приехал в Москву по его милостивому и любезному письму. Сперва, по приезде своем, вступил он в переписку с Никоном, обещал ему награду на небесах за его «неповинныя страдания», но уговаривал вместе с тем Никона смириться перед царем. Но уже с первых дней он советовал царю не медлить с патриархом, требовать от него покорности и низложить его, если не покорится и не «воздержится от дел патриарших». Как ученейшему человеку, Лигариду предложили в Москве от имени боярина Стрешнева (врага Никона) до 30 вопросов о поведении Никона с тем, чтобы Паисий решил, правильно ли поступал патриарх. И Лигарид все вопросы решил не в пользу Никона. Узнав его ответы, Никон около года трудился над возражениями и написал в ответе Лигариду целую книгу страстных и очень метких оправданий.

Очевидно, под влиянием Лигарида царь Алексей Михайлович в конце 1662 г. решился созвать второй собор о Никоне. Он велел архиепископу Рязанскому Иллариону составить для собора как бы обвинительный акт – «всякие вины» Никона собрать – и приказал звать на собор восточных патриархов.

Никон, подавленный отношением царя к нему, и раньше искал мира, посылая к царю письма и прося его перемениться к нему «Господа ради»; теперь же он решил тайком приехать в Москву и приехал ночью (на Рождество 1662 г.), чтобы примириться с государем и предотвратить собор, но той же ночью уехал обратно, извещенный, вероятно, своими московскими друзьями, что его попытка будет напрасной. Видя, что примирение невозможно, Никон снова переменил поведение. Летом 1663 г. он произнес на упомянутого Боборыкина (дело с которым у него продолжалось) такую двумысленную анафему, что Боборыкин мог ее применить к самому царю с царским семейством, что он и сделал, не преминув донести в Москву. Царь чрезвычайно огорчился этим событием и тем, что на следствии по этому делу Никон вел себя очень заносчиво и наговорил много непристойных речей на царя. Об этом, впрочем, постарались сами следователи, выводя патриарха из себя своими вопросами и своим недоверием к нему. Если царь Алексей Михайлович сохранил еще какое-нибудь расположение к Никону, то после этого случая оно должно было исчезнуть вовсе.