Летом 1659 г. Никон неожиданно приехал в Москву, не долго там пробыл, был принят царем с большой честью, но объяснений и примирения между ними не произошло, отношения оставались неопределенными, и дело не распутывалось. Осенью того же 1659 г. Никон, с позволения царя, поехал навестить два других своих монастыря: Иверский (на Валдайском озере) и Крестный (близ Онеги). Только теперь, в долгое отсутствие Никона, решился царь собрать духовный собор, чтобы обдумать положение дел и решить, что делать. В феврале 1660 г. начало свои заседания русское духовенство и по рассмотрении дел определило, что Никон должен быть лишен патриаршества и священства по правилам св. апостолов и соборов, как пастырь, своей волей оставивший паству. Царь, не вполне доверяя правильности приговора, пригласил на собор и греческих иерархов, бывших тогда в Москве. Греки подтвердили правильность соборного приговора и нашли ему новые оправдания в церковных правилах. Но ученый киевлянин Епифаний Славинецкий не согласился с приговором собора и подал царю особое мнение, уличая собор в неверном толковании церковных правил и доказывая, что у Никона нельзя отнять священства, хотя и должно лишить его патриаршества. Авторитет греков был, таким образом, поколеблен в глазах царя, он медлил приводить в исполнение соборный приговор, тем более что многие члены собора (греки) склонны были оказать Никону снисхождение и просили об этом государя. Итак, попытка распутать дело с помощью собора не удалась, и Москва осталась без патриарха.

Никон же продолжал считать себя патриархом и высказывал, что в Москве новый патриарх должен быть поставлен им самим. Он воротился в Воскресенский монастырь, узнал, конечно, о приговоре собора по поводу его низложения и понял, что теперь ему нелегко возвратить утраченную власть. Удаляясь из Москвы, он рассчитывал, что его будут умолять о возвращении на патриарший престол, но этого не случилось, а собор 1660 г. показал ему окончательно, что в Москву его просить не будут. Что влияние Никона пало совсем, это увидели и другие: сосед Никона по земле, окольничий Боборыкин, вступил с ним в тяжбу, не уступая куска земли когда-то всесильному патриарху. Недовольный тем, что Боборыкину дали суд на патриарха, Никон пишет царю письмо, полное укоризн и тяжелых обвинений. В то же время он не ладит с Питиримом, мало обращавшим внимания на бывшего патриарха, и даже предает его анафеме. Вообще Никон, не ожидавший невыгодного для себя оборота дела, теряет самообладание и слишком волнуется от тех неприятностей и уколов, какие постигают его, как всякого павшего видного деятеля. Но до 1662 г. против Никона не предпринимают ничего решительного, хотя резкие выходки его все больше и больше вооружают против него прежнего его друга царя Алексея.