В объяснении причины разрыва Никона с Алексеем Михайловичем исследователи несколько расходятся благодаря неполноте фактических данных об этом событии. Одни (Соловьев, митрополит Макарий) объясняют разрыв возмущением царя, с одной стороны, и резкостями в поведении Никона, с другой; у них дело представляется так, что охлаждение между царем и патриархом происходило постепенно и само по себе, незаметно привело к разрыву. Другие (Субботин, Гюббенет и покойный профессор Дерптского университета П. Е. Медовиков, написавший «Историческое значение царствования Алексея Михайловича». М., 1854) полагают, что к разрыву привели наветы и козни бояр, которым они склонны придавать в деле Никона очень существенное значение. Надо заметить, что С. М. Соловьев также не отрицает участия бояр в этом деле, но их интриги и «шептания», как фактор второстепенный, стоят у него на втором плане.

Когда царь не дал должной, по мнению Никона, расправы над Хитрово, обидевшего патриаршего боярина при въезде Теймураза, и перестал посещать патриаршее служение, Никон уехал в свой Воскресенский монастырь, отказавшись от патриаршества «на Москве» и не дождавшись объяснения с царем. Через несколько дней царь послал двух придворных спросить у патриарха, как понимать его поведение – совсем ли он отказался от патриаршества или нет? Никон отвечал царю очень сдержанно, что он не считает себя патриархом «на Москве», и дал свое благословение на выборы нового патриарха и на передачу патриарших дел во временное заведование Питирима, митрополита Крутицкого. Никон затем просил прощения у Алексея Михайловича за свое удаление, и царь простил его. Поселясь в Воскресенском монастыре (от Москвы верстах в 40 на северо-западе), принадлежавшем Никону лично, он занялся хозяйством и постройками и просил Алексея Михайловича не оставлять его обители государевой милостыней. Царь, со своей стороны, милостиво обращался с Никоном, и отношения между ними не походили на ссору. Царю доносили, что Никон решительно не хотел «быть в патриархах», и царь заботился об избрании нового патриарха на место Никона. В избрании патриарха тогда и заключался весь вопрос: дело обещало уладиться мирно, но скоро начались неудовольствия. Никон узнал, что светские люди разбирают патриаршие бумаги, оставленные в Москве, обиделся на это и написал по этому поводу государю письмо с массой упреков, жалуясь и на то, между прочим, что из Москвы к Никону никому не позволяют ездить. Затем он стал жаловаться, что его не считают патриархом, и очень рассердился на митрополита Питирима за то, что тот решился заменить собой патриарха в известной церемонии – шествии на осляти (весной 1659 г.). По этому поводу Никон заявил, что он не желает оставаться патриархом «на Москве», но что не сложил с себя патриаршего сана. Выходило так, что Никон, не будучи патриархом Московским, был все же патриархом Русской церкви и считал себя вправе вмешиваться в церковные дела; если бы на Москве избрали нового патриарха, то в Русской церкви настало бы двупатриаршество. В Москве не знали, что делать, и не решались избирать нового пастыря.