Восточные патриархи, приглашение которым было послано в декабре 1662 г., прислали свои ответы только в мае 1664 г. Сами они не поехали в Москву, но очень обстоятельно ответили царю на те вопросы, какие царь послал им о деле Никона одновременно со своим приглашением. Они осудили поведение Никона и признали, что патриарха может судить и поместный (русский) собор, почему присутствие их в Москве представлялось им излишним. Но царь Алексей Михайлович непременно желал, чтобы в Москву приехали сами патриархи, и отправил им вторичное приглашение. Очень понятно это желание царя разобрать дело Никона с помощью высших авторитетов церкви; он хотел, чтобы в будущем уже не оставалось места сомнениям и не было возможности для Никона протестовать против собора.

Но Никон не желал собора, понимая, что собор обратится против него, он показывал вид, что собор для него не страшен, но в то же время сделал открыто и гласно первый шаг к примирению, чтобы этим уничтожить надобность собора; он решился с помощью, и может быть по мысли некоторых своих друзей (боярина Н. И. Зюзина), приехать в Москву патриархом, так, как когда-то уехал из нее. Ночью на 1 декабря 1664 г. он неожиданно явился на утреню в Успенский собор, принял участие в богослужении как патриарх и послал известить государя о своем приходе, говоря: «Сшел я с престола никем не гоним, теперь пришел на престол никем незванный». Однако государь, посоветовавшись с духовенством и боярами, собранными тотчас же во дворец, не пошел к Никону и приказал ему уехать из Москвы. Еще до рассвета уехал Никон, отрясая прах от ног своих, понимая окончательно свое падение. Дело о приезде его было расследовано, и Зюзин поплатился ссылкой. Никону приходилось ожидать патриаршего суда над собой. В 1665 г. он тайком отправил патриархам послание, оправдывая в нем свое поведение, чтобы патриархи могли правильнее судить о его деле; но это послание было перехвачено и на суде служило веской уликой против Никона, потому что было резко написано.

Только осенью 1666 г. приехали в Москву патриархи Александрийский Паисий и Антиохийский Макарий (Константинопольский и Иерусалимский сами не приехали, но прислали свое согласие на приезд двух первых и на суд над Никоном). В ноябре 1666 г. начался собор, на который был вызван и Никон. Он держал себя как обиженный, но признал собор правильным; оправдывался он гордо и заносчиво, но повиновался собору. Обвинял его сам царь, со слезами перечисляя «обиды» Никона. В декабре постановили приговор Никону, сняли с него патриаршество и священство и отправили в ссылку в Ферапонтов Белозерский монастырь. Так окончилось «дело патриарха Никона».