Одной из причин неудачи Байбаков считал также неправильное разграничение функций государства, его центральной власти, с одной стороны, и министерств, республик — с другой. На практике это привело к тому, что средства, составляющие доходную часть государственного бюджета, ушли на предприятия, а расходы остались за государством. И при подготовке народнохозяйственного плана на 1967–1968 годы финансовый план был вполне сбалансированным, однако госбюджет свести без дефицита за счет текущих средств не удалось. «Проанализировав состояние отраслевой экономики, Косыгин пришел к выводу, что, предоставив предприятиям право свободно маневрировать, мы не сумели обеспечить должный контроль, — вспоминал Байбаков. — В итоге начался опережающий рост заработной платы по сравнению с ростом производительности труда. Пришлось пойти на временное, как тогда казалось, заимствование средств для покрытия расходов госбюджета из фондов предприятий. Но, позаимствовав один раз, остановиться уже не смогли».

Реформа провалилась, потому что носила частичный характер. Никто не желал отказываться от принудительного планирования, нелепого ценообразования, распределения ресурсов через Госснаб — иначе говоря, от всей системы хозяйствования. Сам Косыгин, при всей его новаторской устремленности, был частью этой системы. Григорий Ханин, доктор экономических наук из Новосибирска, посвятивший серию статей советской экономике, ее реальному положению, пишет: «В годы застоя и перестройки с именем Косыгина ассоциировался образ исключительно компетентного, даже выдающегося хозяйственника. Так действительно могло казаться на фоне других членов государственного руководства времен Хрущева и Брежнева. Однако на самом деле на высшем в советской экономике посту Косыгин ничем особенным себя не проявил. Все “успехи” экономической реформы 1965 года являлись либо статистической иллюзией (мои подсчеты говорят о падении темпов основных экономических показателей в этот период), либо следствием благоприятного стечения обстоятельств, включая влияние погоды на сельское хозяйство».

Продвигая реформу, Косыгин одновременно представлял собой и один из ее тормозов. Ему были свойственны те же заблуждения, что и большинству членов Политбюро.

Пытаясь запустить некое подобие рыночных механизмов, он все равно оставался приверженцем системы, где все решают наверху и всем управляют оттуда же.

«Как бы основательно Косыгин ни понимал экономические проблемы, — писал в конце жизни бывший министр иностранных дел СССР Андрей Громыко, — он все же на практике шел по тому же пути застоя. Каких-либо глубоких положительных мыслей, направленных на преодоление пагубных явлений в экономике страны, он не высказывал».