Центральное руководство не только не воспринимало ситуацию в Прибалтике как взрывоопасную, но и плохо представляло себе ее специфику. Национальное сопротивление рассматривалось в привычных рамках «фашистских происков» и антирусских настроений. Возможность отторжения Прибалтики от СССР упоминалась, но только в контексте пропагандистских лозунгов о националистической оппозиции. Она не воспринималась как серьезный политический противник. Борьба с ней по-прежнему считалась не столько идеологической задачей, сколько делом НКВД, и решалась главным образом соответствующими средствами. На местах уполномоченные органов безопасности руководили подавлением движения сопротивления и чистками общества от «враждебных элементов». В более широком смысле уполномоченные органов безопасности, входившие в Бюро, должны были следить за всем, что происходило в обществе. В их обязанности также входило наблюдение за руководством союзных республик, а также за деятельностью остального состава Бюро и передача соответствующей информации непосредственно в Москву. Очень показательна в этом смысле деятельность уполномоченного органов безопасности в Бюро ЦК ВКП(б) по Литве И. Ткаченко, который в июне 1945 г. лично докладывал Л. Берии о положении дел в руководстве Литовской ССР. Он информировал, кто и с каким усердием ходит на работу, но, что еще более существенно, как инертно и неохотно ведется борьба с «антисоветскими элементами». Обращалось внимание на такие серьезные вещи, как совещания республиканских руководителей за закрытыми дверями, куда «русские товарищи» не приглашались⁵⁶.

И все же главной задачей уполномоченных органов безопасности по союзным республикам в составе Бюро было руководство борьбой с местным движением сопротивления и координация этой борьбы.

Трудности определения масштабов распространения повстанческого движения и уголовного бандитизма в послевоенной Прибалтике связаны еще и с несовершенством советского законодательства, не разделявшего антисоветское вооруженное сопротивление и уголовный бандитизм. Первоначально не фиксировала этой разницы и ведомственная статистика НКВД и НКГБ, априори рассматривая все антисоветские проявления в западных областях СССР как бандитизм. (Юридическое определение бандитизма относится к числу наиболее устойчивых норм советского уголовного законодательства. Согласно ст. 59-3 УК РСФСР 1926 г. квалификация этого вида преступлений выглядела следующим образом: «.бандитизм, т. е. организация вооруженных банд и участие в них и в организуемых ими нападениях на советские и частные учреждения или отдельных граждан, остановка поездов и разрушение железнодорожных путей и иных средств сообщений и связи». В этой формулировке норма просуществовала вплоть до 1958 г., когда был принят новый закон об уголовной ответственности за государственные преступления). Юридическое разграничение политического и уголовного бандитизма появляется лишь в 1947 г., после того как было принято решение о разделении сфер деятельности МВД и МГБ по вопросу борьбы с бандитизмом⁵⁷.