На территории Прибалтики, особенно в Литве, разворачивалась масштабная партизанская война. Уже 1 декабря 1944 г. в НКВД СССР на базе существовавшего ранее отдела⁶⁹ было создано Главное управление по борьбе с бандитизмом (ГУББ). Начальником ГУББ НКВД СССР стал комиссар госбезопасности 3 ранга А. Леонтьев. Задача ликвидации вооруженного сопротивления в западных регионах СССР была обозначена как одно из основных направлений деятельности ГУББ. Тогда же, в декабре 1944 г., появляется еще одна специальная структура – штаб для оперативного руководства войсковыми операциями по подавлению повстанческого движения в Прибалтике во главе с начальником внутренних войск НКВД Прибалтийского военного округа генерал-майором А. Головко.

На территорию Литвы для борьбы с бандитами была брошена 4-я стрелковая дивизия – одно из наиболее боеспособных подразделений войск НКВД, – ранее базировавшаяся на Северном Кавказе. Командовал дивизией генерал-майор П. Ветров, известный своим участием в операциях по выселению чеченцев, ингушей и крымских татар⁷⁰. В Латвии также действовала 5-я, а в Эстонии 63-я стрелковые дивизии⁷¹.

Главной тактикой этих соединений стало проведение чекистско-войсковых операций: прочесывание леса, организация облав и блокад мест дислокации отрядов сопротивления. С июля по ноябрь 1944 г. в результате этих мероприятий потери среди «лесных братьев» и других участников антисоветского сопротивления – «шпионов», «диверсантов», «пособников» – составили: в Литве 1826 человек убитыми, в Латвии -37, в Эстонии – 14 человек. За тот же период было арестовано в Литве 5429 человек, в Латвии – 992, в Эстонии – 1378 человек. Во время этих операций другая, «чекистско-войсковая», сторона потеряла убитыми в Литве – 93, в Латвии – 24, в Эстонии -5 человек⁷².

Формирование истребительных батальонов началось по распоряжению Л. Берии сначала в Литве, потом эта практика была распространена на Латвию и Эстонию. Контролировать регион с рассредоточенным по хуторам населением только силами НКВД было невозможно. Истребительные батальоны должны были участвовать в совместных с войсковыми частями акциях против «лесных братьев», а также заниматься охраной хозяйственных объектов и советских учреждений. «Оперативно-служебная деятельность» бойцов истребительных батальонов заключалась в следующем: «организация засад, секретов, патрулирование населенных пунктов, высылка разведывательно-поисковых групп, производство облав и прочесок вероятных мест укрытия бандгрупп, охрана КПЗ и других объектов»⁷³.

Истребительные батальоны рекрутировались из местного населения. Первоначально планировалось, что истребители, или «истребки», как вскоре стали их называть, будут осуществлять свою деятельность «на общественных началах» и «без отрыва от производства». Это означало, что крестьянина (а в составе батальонов были преимущественно крестьяне) в любой момент могли оторвать от хозяйственных работ и послать на «операцию». Кроме того, истребители на первых порах не освобождались от призыва в армию. В этих условиях кампания по формированию истребительных батальонов большого успеха не имела, даже невзирая на соблазн законно получить в руки оружие. Ситуация изменилась после того, как в декабре 1944 г. военный комиссар Литвы издал распоряжение об освобождении бойцов истребительных батальонов от призыва в Красную армию⁷⁴. До конца 1944 г. в Литве удалось сформировать 15 истребительных батальонов общей численностью 2442 чел., на 1 апреля 1945 г. число батальонов достигло 22, а численность бойцов возросла более чем втрое и достигла 11 013 человек⁷⁵.