Отношение союзного руководства к «лесным братьям» менялось постепенно. На первом этапе, летом 1944 г. – весной 1945 г., когда большая часть оккупированных Германией территорий была уже освобождена, а Красная армия ушла дальше на Запад, центральная власть не стала осмысливать ситуацию в Прибалтике. Действия властей не учитывали местной специфики, были стандартны: восстановление органов власти, подсчет ущерба, возвращение беженцев и т. д. Частью этого общего плана была «зачистка» освобожденных районов от остатков немецких воинских частей, диверсионных групп, а также репрессии в отношении бывших полицейских, охранников и других лиц, сотрудничавших с немцами. Решение этой задачи было отдано НКВД и НКГБ.

Перед освобождением Прибалтики руководство НКГБ СССР сочло необходимым уточнить механизм репрессий против местных коллаборационистов. Это было сделано в директиве об организации агентурно-оперативной работы на освобожденной территории прибалтийских республик, подписанной наркомом госбезопасности СССР В. Меркуловым 3 марта 1944 г. Этот документ, характеризующий видение советского руководства ситуации в Прибалтике, имеет смысл процитировать подробно:

«В целях правильной организации оперативно-чекистской работы при очистке освобождаемой территории Прибалтийских советских республик от вражеских агентов, ставленников и пособников немецко-фашистских захватчиков, предлагаем руководствоваться следующим:

1. Немедленному аресту подлежат:

1) личный состав и агентура действовавших в Прибалтике разведывательных и контрразведывательных органов немцев: «Абверштелл-Остланд» в Риге, «Абвернебенштелле» – Таллин, так называемое «Бюро Целлариуса», морской и воздушной разведок (реферат «Марине» и «Люфт»); разведывательных и диверсионных школ в Лейтсе, Кейла-Юа, Мыза-Кумна, Вихула и др.;

2) командный, руководящий и оперативный состав созданных немцами полицейских батальонов, «полиции самоуправления» и полицейских школ;

3) руководящий состав тюрем, концентрационных лагерей, лагерей для советских военнопленных и лица, выполнявшие в них полицейские функции;

4) военные коменданты уездов, волостей и сельских общин;

5) прокуроры, следователи и члены военных судов, верховного трибунала, апелляционных плат, окружных судов;

6) руководящий состав рейхскомиссариата и созданных немцами органов центрального самоуправления: директора департаментов, основные референты и члены «Совета сельского хозяйства»;

7) руководители областных, окружных, уездных дум и управ, уполномоченные советников центрального самоуправления;