24 мая 1945 г. было созвано Бюро ЦК ВКП(б) по Литве. На заседании обсуждался один вопрос – «Об активизации буржуазно-националистических банд и мерах усиления борьбы с ними». Оценив обстановку в республике, Бюро постановило: «Считать важнейшей и первоочередной задачей партийных, комсомольских и советских организаций, органов НКВД и НКГБ дальнейшее усиление борьбы с литовскими и польскими буржуазными националистами, быстрейшее разоблачение и ликвидацию буржуазно-националистического подполья и полный разгром кулацко-националистических банд»⁷⁸. Характерно, что в документе не упоминается о «немецком следе», т. е. повстанцы уже не рассматриваются исключительно как агенты германской разведки.

Летом в 1945 г. в Москву начала поступать информация об активизации повстанческих сил. В документах они именовались «националистическим подпольем» и «буржуазно-националистическими бандами». Союзное руководство стало реалистичнее оценивать происходящее. Теперь повстанческое движение осознавалось как дестабилизирующий фактор, ставивший под вопрос само существование советской власти, особенно в стратегически важном – пограничном и приморском регионе. В этих условиях Центр ужесточил политику в Прибалтике – начался второй этап противостояния.

В 1945 г. по просьбе правительства Литвы паспортная система была распространена на сельских жителей этой республики: крестьяне тогда получили временные паспорта в соответствии со специальным распоряжением СНК СССР от 4 октября 1945 г. В феврале 1946 г. с просьбой о введении паспортов на всех граждан республики в союзное правительство обратились власти Латвии. Руководство Эстонии просило распространить паспортную систему на всех граждан Эстонии старше 16 лет. В записке, адресованной заместителю союзного правительства В. Молотову, просьбу свою они мотивировали следующим образом: «В прошлом все взрослое население Эстонии имело паспорта, которые являлись основным документом, удостоверяющим личность граждан. Поэтому граждане Эстонии привыкли к паспортной системе и ощущают в этом крайнюю необходимость, нередко выдвигая этот вопрос перед советскими и партийными органами республики»⁷⁹. (Паспортизация жителей балтийских республик была «особым случаем» в советской практике 1940-х гг.: сельскому населению России, а также других регионов страны пришлось ждать этого события еще почти 30 лет). Главной причиной этого решения стал размах движения «лесных братьев» в республике: паспортизация сельского населения стала еще одной мерой, направленной на выявление «антисоветского элемента» и обеспечение большей подконтрольности территории.