Истребительные батальоны создавались по территориальному принципу: ядро находилось в уездном центре, а основной действующей единицей был взвод при волостном отделении НКВД. Первоначально он состоял из 10–12 человек, потом его численность была доведена до 30–50 человек. На вооружении истребительных батальонов находились автоматы и винтовки, выданные НКВД, а также трофейное оружие – немецкое и добытое у «лесных братьев». В начале 1945 г. две трети бойцов жили на казарменном положении. Однако с наступлением сезона полевых работ казарменное положение ограничили только ночным временем, а днем истребители могли заниматься хозяйственными делами – ЦК КП(б) Литвы, озабоченный возможностью срыва посевной кампании, принял специальное решение по этому вопросу⁷⁶.

По положению об истребительных батальонах их командирами являлись начальники уездных отделов НКВД. Однако те смотрели на «добровольных помощников» со скепсисом, больше рассчитывая на подразделения регулярной армии. Военным обучением истребителей первоначально почти не занимались. Положение начало меняться лишь после того, как на этот счет поступило специальное указание начальника ГУББ А. Леонтьева. Была разработана программа обучения, выделены офицеры и сержанты для проведения занятий. Однако военная подготовка бойцов истребительных батальонов по-прежнему оставалась слабой. Одним из существенных препятствий на этом пути стала языковая проблема: проводившие занятия офицеры не знали литовского языка, а литовские крестьяне плохо понимали по-русски.

В отличие от истребительных батальонов «группы содействия» создавались главным образом с целью получения информации о передвижении и местах дислокации повстанцев. Социальной базой для таких групп должен был стать сельский актив. Оружия активистам не полагалось. По понятным причинам отдача от «групп содействия» была невелика. Не желая обострять отношений с властью, люди часто соглашались на сотрудничество, но это «содействие» носило больше формальный характер. Тот же, кто шел на сотрудничество с властью в открытую, становился объектом мести «лесных братьев». К апрелю 1945 г. всего по Литве было организовано 298 «групп содействия» с общей численностью 2890 человек⁷⁷.

Весной 1945 г. повстанческое движение в Прибалтике изменило тактику: большие отряды разделились на мелкие и мобильные группы, возросла активность «лесных братьев». Нередко под контролем у них оказывались целые районы.

Окончание войны рассматривалось повстанцами, как начало освобождения Прибалтики от советского присутствия при помощи Запада. Главным методом партизанской борьбы стал террор против советских активистов, крестьян-новоселов, нападение на советские учреждения, организация пропагандистских акций, бойкотирование важных государственных кампаний – выборов, подписки на заем, хлебозаготовок и т. д.