В Эстонии в 1945–1946 гг. органами НКВД – МВД (в этот период Наркомат внутренних дел переименовывается в министерство) по антисоветским обвинениям было арестовано 3445 и 571 соответственно. Кроме того, в 1945 г. было арестовано 286 человек уголовного и «прочего преступного элемента», а в 1946 г. – 314 человек. Таким образом, общее число арестованных органами НКВД – МВД ЭССР в 1945 г. составило 3731 человек, а в 1946 г. – 887 человек. Из этого числа в 1945 г. – 1476 «немецких ставленников и пособников». В 1946 г. по этой категории было арестовано всего 30 человек, причем в это число вошли не только коллаборационисты, но и «другой антисоветский элемент»⁸³.

В Латвии картина репрессий против коллаборационистов по линии НКВД – МВД имела тот же характер. В 1945–1946 гг. по антисоветским обвинениям в республике было арестовано 3275 и 1776 человек соответственно, в 1945 г. еще 594 человека уголовного и «прочего преступного элемента», а в 1946 -420 человек. Таким образом, общее число арестованных НКВД – МВД Латвийской ССР в 1945 г. составило 3869 человек, а в 1946 г. – 2196 человек. Из этого числа в 1945 г. было арестовано 1055 нацистских ставленников и пособников (около 27 % от общего числа). В 1946 г. по этой категории было арестовано 243 человека (около 11 % от общего числа). Как и в случае с Эстонией, в это число вошли не только коллаборационисты, но и «другой антисоветский элемент»⁸⁴.

Репрессивная деятельность органов НКВД – МВД Литовской ССР была существенно более масштабна, чем деятельность этих органов в Латвии и Эстонии. В 1945 г. по антисоветским обвинениям НКВД Литвы было арестовано 19 183 человека – вдвое больше, чем в остальных балтийских республиках вместе взятых. В 1946 г. число арестованных в республике по антисоветским статьям серьезно снизилось и составило 5322 человека. Кроме того, в 1945 г. в Литве было арестовано 6312 человек уголовного и «прочего преступного элемента», а в 1946 – 799 человек. Таким образом, общее число арестованных НКВД – МВД Литовской ССР составило в 1945 г. – 25 495, а в 1946 г. – 6121 человек. Из этого числа в 1945 г. – 3313 немецких ставленников и пособников. В 1946 г. число арестованных по этой категории составило 938 человек. Как и в остальных прибалтийских республиках, в это число вошли не только коллаборационисты, но и «другой антисоветский элемент»⁸⁵.

1945 и 1946 гг. стали периодом наиболее жесткого противостояния между «лесными братьями» и советскими силовиками, когда жестокость обеих противоборствующих сторон достигла своего предела. Широко применялись карательные методы и тактика запугивания населения. Со стороны властей это были высылки, аресты, показательные процессы над «лесными братьями» и крестьянами, обвиненными в пособничестве. Приговоры печатались в газетах. Практиковались и такие акции, как демонстрация трупов повстанцев в публичных местах – под предлогом их идентификации, на опознание приводились родственники, включая детей⁸⁶.