В соответствии с закрытым приказом МВД России от 18 июня 1992 года «О дальнейшем совершенствовании системы подразделений ОВД Российской Федерации по организованной преступности и коррупции» изменился сам подход к работе созданных структур. В следственных аппаратах различных уровней создаются специализированные отделы. В Следственном комитете МВД образовывается управление по расследованию организованной преступности и коррупции. С этого времени следствие по уголовным делам стали проводить выделенные и подготовленные следователи, которые другими делами не занимались, что позволило повысить качество и сократить сроки расследования преступлений.

Во исполнение Закона Российской Федерации «Об оперативно-розыскной деятельности» издается приказ МВД от 22 сентября 1992 года «О мерах совершенствования оперативно-розыскной деятельности органов внутренних дел» с грифом «совершенно секретно», который регламентировал оперативно-розыскную работу по борьбе с преступностью и ее организованными формами. В это время в ГУОП начал создаваться отдел секретных сотрудников для внедрения в организованные сообщества. Впоследствии на его основе было сформировано управление разведки.

Секретным приказом МВД от 1 января 1993 года «О дополнительных мерах по усилению борьбы с вооруженными организованными преступными группами» объявляется Положение о Главном управлении МВД России по организованной преступности. Все подразделения службы были приведены к единой структуре, что позволило обеспечить эффективное управление имевшимися силами.

Вместе с этим в нем уделялось внимание разработке и проведению операций при участии заинтересованных служб по пресечению преступной деятельности вооруженных бандформирований. В целях глубокого проникновения в такие группировки предусматривалось использование специальных мероприятий с участием сотрудников управления разведки.

С целью комплексного использования сил и средств органов внутренних дел и государственной безопасности в борьбе с коррупцией в феврале 1993 года издается совместный приказ с грифом «секретно». В нем первостепенное значение уделялось профилактике коррупции, а также совместному проведению целевых операций по пресечению деятельности организованных формирований, связанных с коррумпированными лицами. В СИЗО, тюрьмах МВД и Министерства безопасности предусматривалось проведение следственно-оперативных мероприятий.

Основные организационно-тактические вопросы по борьбе с преступностью в переходный период нашли свое отражение в законах и ведомственных нормативных правовых актах. Однако ряд аспектов остался за пределами правового регулирования. Такое положение порождает у практических работников определенные сложности в процессе выполнения возложенных на них обязанностей.