19 января 1982 года Цвигун находился в санатории «Барвиха». Он предложил супруге Розе Михайловне съездить на дачу и посмотреть, как там идет ремонт. Когда они приехали, она вошла в дом, а Семён Кузьмич остался на улице. Через некоторое время Роза Михайловна увидела, как навстречу ей бежит шофер со словами: «У нас несчастье…» На мгновение ей показалось, что муж упал и ударился о крыльцо – но к телу её не пустили.

Приехал Андропов. Он несколько раз просил шофера повторить, «как всё было». Со слов шофера выходило, что Цвигун попросил у него пистолет и тут же выстрелил себе в висок. Сын Цвигуна – Михаил Семёнович вспоминает: «Юрий Владимирович постоял – было видно, что ему тяжело. И он произнес одну фразу, которая врезалась как каленым железом в мозг: “Я им Цвигуна не прощу”. Кому им – как было, так и остается загадкой. И может быть, останется загадкой теперь уже и навсегда».

Люди такого масштаба, каким был Семён Кузьмич, не стреляются по пути от калитки к дому, не оставив записки. Скорее здесь напрашивается аналогия с легендарным Григорием Ивановичем Котовским, застреленным на своей даче в тот момент, когда планировалось его назначение заместителем Фрунзе. Оба они были представителями «молдавского клана», причем вскоре умирает и Фрунзе – при весьма неясных обстоятельствах, на операционном столе. Считается, что он был убит по заказу Троцкого, его ярого противника, которого Фрунзе сменил на посту наркома по военным и морским делам.

Когда Розе Михайловне выдали медицинское свидетельство о смерти мужа, в нём было сказано, что муж её умер скоропостижно от острой сердечной недостаточности.

Как бы то ни было, Семён Кузьмич навсегда останется в нашей памяти как последний гайдук на фронтах тайной войны и создатель замечательного художественного образа советского чекиста. К сожалению, самое главное дело своей жизни он завершить так и не успел.

Сразу после этих трагических событий имя Семёна Кузьмича Цвигуна подверглось циничной фальсификации и стало беззастенчиво использоваться для самых гнусных целей – сделать себе имя на чужом горе, а заодно и оболгать «кровавую гэбню». Тон в этом хоре «правдорубов» как всегда задавал человек с говорящей фамилией – некто Эдуард Тополь, в девичестве Эдмон Хаимович Топельберг – не то сценарист, не то режиссер… В 1978 году он уехал в США, с 2017 года живет в Израиле. В 1983 году Тополь вместе с таким же эмигрантом-антисоветчиком Фридрихом Незнанским издал в США роман «Красная площадь», на основе которого в 2004 году вышел одноименный российский сериал. Как сказано в пресс-релизе, «в основе сюжета – реальная история гибели зампреда КГБ СССР Цвигуна в январе 1982 года. По сей день остается тайной, что именно послужило причиной смерти второго человека советской госбезопасности. Согласно официальным сообщениям, Цвигун скончался от тяжелой болезни. Но вскоре после его смерти по стране и миру разошлась информация, что он покончил с собой. А затем появилась и другая версия: Цвигун якобы был убит сотрудниками КГБ, когда те пытались найти в его служебной квартире секретные документы, которые приказал изъять у своего заместителя председатель комитета Андропов».