После ухода Махкамова из политики относительно стабильный период развития событий завершился. Начался новый этап по пути к обострению обстановки в республике. Возник конфликт между несколькими противоборствующими силами. Одни хотели продолжать жить на основе традиций советского периода, другие требовали либеральных ценностей, третьи выступали за демократию с исламским уклоном. Дальнейшая хронология событий такова:

9 сентября 1991 года Таджикистан был провозглашен независимым государством. Его временным президентом стал председатель Верховного Совета Кадриддин Аслонов. 29 октября 1991 года состоялся учредительный съезд Партии исламского возрождения Таджикистана. После этого она получила разрешение на легальную деятельность.

24 ноября 1991 года состоялись первые в истории независимого Таджикистана президентские выборы. Депутаты парламента, в котором большинство принадлежало компартии, кандидатом в президенты выдвинули Рахмона Набиева, опытного хозяйственника, который с 1982 по 1985 годы возглавлял компартию Таджикистана. Его основным соперником стал известный кинорежиссер, депутат Верховного Совета СССР, председатель Федерации Союза кинематографистов СССР Давлат Худоназаров, которого поддерживали Демократическая партия Таджикистана и другие оппозиционные силы, в том числе и мусульманское духовенство. Особенно популярен он был среди интеллигенции и молодежи. Победу на этих выборах с результатом 56,52 % голосов одержал Рахмон Набиев. Давлат Худоназаров набрал 30,10 % голосов. Остальные четверо участников президентских выборов набрали примерно по 1–2 процента голосов. Оппозиция итоги выборов не признала и обвинила власти в фальсификации результатов. В дальнейшем противостояние оппозиции и властей вновь стало обостряться.

В конце марта 1992 года оппозиция потребовала отставки парламента и принятия новой конституции. В ответ на это 1 апреля «Общественный комитет по защите конституционного строя» объявил альтернативный митинг на площади Озоди. В свою очередь 4 апреля оппозиционеры вывели около 50 тыс. человек на площадь «Шахидон». В основном их привезли из кишлаков. Набиев явно не ожидал этого и пообещал оппозиции ряд уступок, выдвинув в качестве обязательного условия прекращение митинга.

20 апреля 1992 года сессия Верховного Совета Таджикистана наделяет Набиева полномочиями Верховного главнокомандующего, после чего 1 мая он решает подавить оппозицию силой. Набиев объявляет призыв в наспех сколоченную президентскую гвардию – бригаду особого назначения и раздает оружие участникам митинга на площади Озоди.