Во время жизни в Александровской слободе Григорий Лукьянович усвоил, что царь ждет помощи от людей, которые живут исключительно его интересами. Однако каковы эти интересы он до конца не понимал и, судя по себе, решил, что это те интересы, которые царь не рискует публично озвучивать.

Скуратов интуитивно почувствовал, что царь хотел без шума устранить своих личных врагов и вызвался решить эту проблему. Со всей свойственной ему животной энергией он стал действовать на этом поприще и скоро организовал специальный приказ по поиску и уничтожению царских врагов. Трудясь в сыскном приказе «с огоньком» в переносном и прямом смысле этого выражения, Скуратов своими руками убирал опасных для царя персон.

Когда надо было, он действовал открыто, когда надо – выполнял приказания царя тайно. Так, по-тихому, Малюта убрал потенциального претендента на престол – двоюродного брата царя удельного князя Владимира Андреевича Старицкого, митрополита Филиппа, осуждавшего репрессивную политику царя и многих им подобных людей.

Продвижение вверх по служебной лестнице главы тайной полиции при этом происходило, как бы, само собой.

Например, в 1570 г., во время карательного похода на новгородскую элиту, рассматривавшую возможность переметнуться на сторону поляков и принять католичество, он обнаружил, что многие опричники занялись не поиском крамолы, а личным обогащением, и доложил об этом царю. Иван Васильевич назначил его ответственным за чистку рядов своего военно-духовного ордена, превратившегося в орден военно-грабительский.

По результатам проведенного Скуратовым следствия своих мест, а затем и голов, лишились старые руководители опричнины – бояре Алексей Басманов и его сын Федор Басманов, князь Афанасий Вяземский, а также еще более сотни человек.

Позже Скуратов участвовал в следствии по делу царского шурина, главы опричной Думы князя Михаила Темрюковича Черкасского. Поступили сведения, что он списывался со своим отцом, который служил в войске Девлет-Гирея во время его набега на Москву в 1571 г.

Найти доказательств измены шурина царю не удалось, но он был объявлен виновным и, по приказу Скуратова, тайно зарублен стрельцами прямо на улице столицы. Трех опричных воевод, обвиненных вместе с Михаилом Темрюковичем в сдаче Москвы, отрыто судили и казнили.

Григорий Лукьянович не был записным душегубом, как его после смерти изображали представители «старой» элиты, которым он действительно нанес немалый урон. Он любил свою жену и трех дочерей. Озаботился составить для каждой дочери выгодную брачную партию.