В Красной армии заградительные отряды использовались в ходе боевых действий в 1938 г. у оз. Хасан, в 1939 г. – на р. Халхин-Гол, в 1939–1940 гг. – в советско-финляндской войне. С началом Великой Отечественной войны заградительные отряды (под различными названиями) стали создаваться практически как в войсках НКВД по охране тыла фронтов, так и в соединениях действующей армии, создавались они партийными и советскими органами для борьбы с дезертирами и паникерами в прифронтовой полосе, на дорогах, железнодорожных узлах и в лесных массивах. В частях абвера заградотряды были введены сразу после сокрушительного поражения под Москвой. И только ценою этих заградотрядов, офицерских штрафных батальонов и солдатских штрафных рот им удалось остановить бегство своих войск.

Учитывая сложное положение в прифронтовой полосе и незащищенность тыла частей и соединений Красной армии, по постановлению СНК СССР от 25 июня 1941 г за № 1756-762сс на пограничные войска НКВД была возложена охрана войскового тыла фронтов действующей Красной армии[966][967].

В соответствии с постановлением СНК от 25 июня 1941 г. были образованы управления охраны тыла в пяти действующих фронтах и одного в Особой группе войск. Они формировались на базе управлений войск западных пограничных округов: Северного, Северо-Западного, Западного, Юго-Западного и Южного фронтов. Пограничные части были преобразованы в пограничные полки. В управлениях созданы разведывательные отделы, в пограничных полках – разведывательные отделения, в батальонах – группы разведчиков, введены должности зам. по разведке нач. войск по охране тыла, командира полка и командира батальона. Общее количество разведчиков полков доведено до 25 человек. В дальнейшем с образованием новых фронтов создавались и управления войск по охране тыла. В первые месяцы войны кроме фронтовых были созданы управления войск по охране тыла армий. Но эти управления в начале 1942 г. были расформированы, так как зачастую дублировали и подменяли управления войск по охране тыла фронтов.

25 июня 1941 г. Политбюро ЦК ВКП (б) утвердило постановление СНК СССР:

«1. Для охраны войсковых тылов и наведения там строжайшего порядка организовать институт фронтовых и армейских начальников охраны войскового тыла.

2. В первую очередь организовать институт начальника войскового тыла в районе Западного фронта.

3. Начальником охраны войскового тыла Западного фронта назначить начальника пограничных войск НКВД генерал-лейтенанта Соколова»[968].

26 июня 1941 г. указанием зам. наркома внутренних дел СССР генерал-лейтенанта И.И. Масленникова на должностях нач. охраны войскового тыла были утверждены на Северном фронте – генерал-лейтенант Г.А. Степанов, на Северо-Западном – генерал-майор К.И. Ракутин, на Западном – генерал-лейтенант Г.Г. Соколов, на Юго-Западном – генерал-майор М.А. Хоменко и на Южном фронте – генерал-майор Н.П. Никольский[969]. К 20 июля 1941 г. заградительная служба существовала на Северном, Северо-Западном, Карельском, Ленинградском, Западном, Брянском, Центральном, Юго-Западном и Южном фронтах и даже в Резервной армии[970].