Вечером 11 июня командование федеральных войск высадило северо-восточнее Шатоя тактический воздушный десант, в составе которого были подразделения 7 воздушно-десантной дивизии. Они перекрыли возможные пути подхода боевиков. 13 июня к Шатою выдвинулись подразделения 324 мсп (с севера) и 245 мсп (с востока). К вечеру 13 июня Шатой был полностью блокирован. Осознав бесполезность сопротивления, боевики оставили населенный пункт.

По словам командующего войсками СКВО генерала А. Квашнина, в ходе штурма Шатоя федеральные войска не допустили разрушений.

После завершения армейской операции в районе Шатоя начали действовать подразделения МВД, так как в горах остались разрозненные группы наемников и боевиков. 14 июня, сломив сопротивление незаконных вооруженных формирований, подразделения отдельной дивизии оперативного назначения ВВ МВД России после предварительного захвата господствующих высот овладели Ножайт-Юртом. До 60 процентов боевиков, принимавших участие в боях на ножайт-юртовском направлении, составляли наемники. Среди них были представители северокавказских республик в составе России и иностранные граждане.

При штурме Шатоя и Ножайт-Юрта 13 и 14 июня потери федеральных войск составили 6 человек погибшими и 18 — ранеными. Потери бандформирований: 70 — убитыми, около 300 — ранеными.

14 июня над Шатоем был поднят Российский флаг. Этот населенный пункт стал последним из двенадцати районных центров Чечни, освобожденных федеральными войсками. К этому времени более 80 процентов территории Чеченской Республики находилось под контролем федеральных войск.

С падением Шатоя завершилась последняя фаза «горной войны», что означало полное выполнение замысла командования Объединенной группировки войск по восстановлению конституционного порядка на территории Чечни в военном аспекте и соответствовало окончанию широкомасштабных боевых действий.

Возникновение для незаконных вооруженных формирований реальной угрозы полного разгрома подталкивало их руководителей к переговорам с федеральными властями. 9 июня А. Масхадов направил записку командующему 58 армией генералу А. Трошеву с просьбой к федеральному командованию организовать встречу для проведения переговоров. К 15 июня такая встреча была организована.

Период весны — начала лета 1995 года был наиболее успешным в действиях федеральных войск за все предыдущее и последующее время вооруженного конфликта в Чечне. Потери среди военнослужащих были незначительные. Войска умело подавляли основные очаги сопротивления дудаевцев и добились над ними полной победы в «горной войне».