Затем Квашнину поступило предложение перейти на работу в недавно организованный спецотдел оперативной техники — в отделение, по профилю ближе к той специальности, по которой он обучался в школе. Константина Константиновича назначили на должность заместителя начальника отделения механических и пиротехнических аппаратов и устройств. Задача отделения — проведение экспертиз вещественных доказательств, полученных контрразведывательными подразделениями наркомата. Проводились также разработка, конструирование и изготовление устройств по конкретным запросам оперативных подразделений.

А 22 июня 1941 года началась война…

В первый же месяц войны в отделении было налажено производство взрывателей, мин и мин-«сюрпризов» для партизанских отрядов.

На шестой день войны, 27 июня 1941 года, Квашнин в группе оперативных работников других подразделений был откомандирован на стадион «Динамо», где формировалась Отдельная мотострелковая бригада особого назначения (ОМСБОН). Это было единственное в армии воинское подразделение такого рода на протяжении всей войны. В него вошли лучшие из лучших: коминтерновцы и политэмигранты, в том числе немцы, спортсмены, оперативные работники НКВД, пограничники. Начальником Особой группы стал майор госбезопасности П. А. Судоплатов, а его заместителем — майор госбезопасности Н. И. Эйтингон.

Константин Константинович получил назначение на должность помощника начальника инженерной службы. В его обязанность входили организация обучения подрывному и стрелковому делу и распределение стрелкового оружия по подразделениям. Он также проводил инструктаж отрядов, отправляемых в тыл врага.

Сначала обучение шло в ускоренном темпе, и только после отправки в тыл первых групп все вошло в привычный рабочий ритм. К концу августа бойцы ОМСБОНа уже обладали навыками для ведения диверсионно-боевой работы.

Осенью 1941 года по указанию руководства НКВД из бойцов бригады был сформирован сводный отряд в составе тридцати человек; костяк отряда составили политэмигранты, Квашнина назначили командиром отряда. На уединенной подмосковной даче под названием «Озеры», бойцы оттачивали полученные навыки. В программе занятий были захват условного объекта и отдельных лиц, а также пресечение деятельности парашютного десанта по захвату охраняемого объекта. За выполнением наблюдали специалисты из Коминтерна.

Позже Константин Константинович был переведен в Москву, в специальную группу, подчинявшуюся непосредственно начальнику IV Управления П. А. Судоплатову Это управление руководило всей боевой деятельностью разведывательно-диверсионных групп (РДГ), сформированных на базе ОМСБОНа, а также деятельностью партизанских отрядов на территориях, оккупированных гитлеровцами. Базой группы служил особняк на Гоголевском бульваре, почти напротив памятника Гоголю, а отбирались в нее особо ценные сотрудники, которые проходили программу индивидуальной подготовки.