К тому времени, когда посредник вернулся в Иерусалим, евреи отвоевали позиции, позволившие организовать надежную оборону, и Бернадот решил отказаться от своего плана отдать Иерусалим арабам и ограничить еврейскую иммиграцию. В его итоговом девяностостраничном докладе, составленном при участии сотрудников миссии и представленном в Совет Безопасности 16 сентября, первоначальные предложения были коренным образом изменены. Как отмечалось в документе, евреи создали свое государство, и Израиль стал “живой, прочной и полной энергии реальностью”. О политико-экономическом союзе уже не упоминалось, Иерусалим рассматривался теперь не как арабский город, а как международный анклав под контролем ООН. Бернадот по-прежнему считал, что следует передать арабам Негев, а также недавно захваченные евреями Лод и Рамлу. Однако в качестве компенсации к израильтянам переходила вся Галилея. Кроме того, в начале доклада посредник с искренней озабоченностью писал о том, что “невозможно справедливое и полное урегулирование, если арабским беженцам не будет предоставлено право вернуться домой…”. Однако, несмотря на продуманность и непредвзятость этого документа, он был с презрением отвергнут обеими сторонами.

На следующий день после того, как доклад был передан в ООН, а также арабским правительствам и правительству Израиля, три автомобиля, где находились Бернадот и группа его коллег, выехали в штаб-квартиру посредника в здании ИМКА, расположенном в иерусалимском Новом городе. Когда машины проезжали нейтральную зону, в которой можно было попасть под выстрелы арабских и еврейских снайперов, джип, неожиданно выскочивший из-за поворота, преградил им дорогу. В джипе сидели четверо мужчин в одежде цвета хаки и форменных кепи израильской армии. Трое из них выскочили на мостовую и подошли к машине Бернадота, и один несколько раз выстрелил в упор. Бернадот и еще один сотрудник ООН были убиты. Два дня спустя, 19 сентября, тело Бернадота было доставлено самолетом в Швецию. Потрясенное и испуганное этим убийством израильское правительство немедленно отдало распоряжение о розыске преступников. Поначалу подозрение пало на Лехи, но затем выяснилось, что убийцы принадлежали к еще более правой экстремистской группировке и считали шведского дипломата шпионом. Их так и не нашли. Однако в ходе розыска было арестовано более четырехсот членов Лехи, в том числе их глава — Натан Фридман-Елин. Многие из них находились в заключении до конца войны и даже дольше — по обвинению в подстрекательстве и провокации. Перед судом, однако, предстали очень немногие, что не ускользнуло от внимания шведского и других европейских правительств.