Первый этап занимает 7 недель. Учебный день рассчитан на 15 часов. Курсанты бегают кроссы на дальние дистанции, плавают, занимаются греблей, преодолевают полосу препятствий. С каждым днем нагрузки увеличиваются, а требования становятся все жестче. Кроме того, инструкторы систематически устраивают различные помехи. Например, разливают на воде и поджигают нефть, или на проплывающем мимо бревне взрывают заряд взрывчатки… В последнюю (седьмую) неделю проверяют способность курсантов выдерживать предельные физические и психические нагрузки. В это время на сон отводится не более 3–4 часов в сутки. Курсанты совершают марш-бросок с полной выкладкой на 100 километров, а также заплыв в гидрокостюме на 10 миль (18,5 км), буксируя при этом груз весом до 40 кг. В среднем данный этап проходит до конца лишь один из 15–20 курсантов.

Второй этап длится 11 недель. В ходе его курсанты изучают водолазное снаряжение, минно-взрывное дело, тактику боевых операций малых групп в воде и на земле, основы войсковой разведки, радиодело, овладевают холодным и огнестрельным оружием (как серийным, так и специальным). Затем идет парашютная подготовка, скалолазание, управление подводными, надводными и наземными транспортными средствами (например, электробуксировщиками). Разумеется, видное место отводится изучению и отработке различных действий под водой, способов проникновения из-под воды в заданный район и эвакуации с берега в воду. Немало времени уделяется рукопашному бою на суше и особенно под водой с ножом (обычным и иглой). Парни тщательно отрабатывают приемы шокового, травматического и смертельного воздействия на противника. В ходе выполнения различных учебно-боевых заданий происходит подбор членов мелких подразделений боевых пловцов. Смысл здесь в том, что каждое такое подразделение (пара, тройка, четверка и так далее) должно действовать точно и четко, как единый хорошо отлаженный механизм. А это требует взаимной «притирки» в процессе совместных занятий.

Закончив второй этап обучения, курсанты сдают зачет по охране и обороне береговых объектов и кораблей от пловцов-диверсантов противника. Этот зачет, лучше сказать — экзамен, происходит во время учений, построенных как модель боевой операции. Здесь проверяется умение работать под водой на различных глубинах (ориентироваться, наблюдать в условиях плохой видимости, вести бой, преследовать врага, отрываться от преследования, маскироваться на грунте и так далее). Успешно сдавших зачет отправляют в отдельную бригаду морской пехоты для закрепления приобретенных навыков. Это 3-й этап, он длится 8 недель. Опытные инструкторы ежедневно контролируют курсантов. Затем одни боевые пловцы остаются в бригаде, другие возвращаются в те отряды ПДСС, где они проходили обучение. А наиболее способным предлагают пройти двухгодичное обучение в специальном разведывательно-диверсионном центре.