Католические верхи всё больше вовлекали Виссариона во внутренние проблемы Италии. Окончательное переселение папы в Рим требовало восстановления его власти как светского правителя. Николай V достаточно жёстко наводил порядок на церковных землях. В 1450 году он назначил Виссариона своим представителем в Болонье и поручил ему руководство городом. Беспорядки в Болонье тянулись со времён противостояния папы с императором Фредериком II в XIII веке. Жители Болоньи воевали на стороне папы. В Болонье в качестве пленника находился сын императора Энцио. Одна из богатых семей Болоньи считала себя потомками Энцио, и война между сторонниками императора и сторонниками папы в Болонье давно превратилась в кровопролитную войну семейств.

Виссарион обладал энергией и административными способностями. Будучи греком, ему было проще, по крайней мере, изображать беспристрастный подход к сторонникам различных кланов. За пять лет, проведённых в Болонье, Виссарион сумел замирить город. Он также привёл в порядок знаменитый Болонский университет, переживавший не лучшие времена. Студентов было мало, а хорошие преподаватели отказывались приезжать из-за вечных разбоев и убийств в городе. Виссарион построил новое здание университета и привлёк деньгами знаменитых преподавателей, доплачивая им из своего кармана. По просьбе Виссариона Николай подтвердил привилегии университета.

Власть папы постепенно укреплялась на территории, принадлежащей

церкви. Далеко не все радовались возвращению папы, особенно в Риме. Идеи Риенцо оказались живучими. Против папы Николая V был организован заговор.

Выдающийся оратор Стефано Поркари принадлежал к кругу гуманистов. В юности он посетил Англию, Северную Европу и Венецию. Стефано Поркари мечтал о свободе времён Римской республики. Он ненавидел вмешательство церкви в государственные дела.

В 1447 году после смерти папы Евгения IV он стал публично проповедовать, что позор для наследников Древнего Рима быть под пятою священников, тем более что многие из них иностранцы. Речи Поркари переписывались и распространялись по всему Риму.

Николай V попытался усмирить Поркари. Он выслал его в Болонью под надзор кардинала Виссариона. Николай V назначил Поркари пенсию в 300 дукатов в год, ещё сто добавил Виссарион, но Поркари не успокоился. В декабре 1452 года он сбежал из Болоньи и появился в Риме. Виссарион поспешил сообщить о побеге Николаю V.

Поркари удалось собрать около 300 или 400 человек, деньги и оружие. В его планы входило захватить крепость Святого Ангела в Риме, вызвать панику в Ватикане, объявить в Риме республику, а себя объявить народным трибуном. Позднее, когда всё было кончено, Поркали сознался под пытками, что если бы восставшие встретили сопротивление, папу и всех кардиналов могли бы убить.